| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,232,105 | C→G | 14.2% | P213P (CCG→CCC) | PP_4610 ← | PepSY‑associated TM helix domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,232,105 | 0 | C | G | 14.2% | 75.9 / 3.7 | 28 | P213P (CCG→CCC) | PP_4610 | PepSY‑associated TM helix domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/12); new base G (2/2); total (14/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGCAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCTTGAAGATCT > NC_002947/5231960‑5232253 | gCTGCAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCa < 2:54077/150‑1 (MQ=255) cAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCTCTACCAGCAGCGTGGCCACCTGGGCAGCCTTGCCCGGATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCAc < 1:260778/150‑1 (MQ=255) ccTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCatg > 2:584461/1‑144 (MQ=255) ccTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCatg < 1:584461/146‑3 (MQ=255) cTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTa > 2:2958/1‑150 (MQ=255) gCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACa > 2:571298/1‑150 (MQ=255) gcgcTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGc < 1:282039/150‑1 (MQ=255) gcTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGa > 2:584383/1‑127 (MQ=255) gcTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGa < 1:584383/127‑1 (MQ=255) gcTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAg > 2:411974/1‑147 (MQ=255) gcTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAg < 1:411974/147‑1 (MQ=255) cTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGa < 1:1985/150‑1 (MQ=255) ccgccTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCa < 1:406641/90‑1 (MQ=255) ccgccTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCa > 2:406641/1‑90 (MQ=255) cgccTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGa < 1:28470/101‑1 (MQ=255) cgccTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGa > 2:28470/1‑101 (MQ=255) gCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGccc > 1:479423/1‑150 (MQ=255) aaCAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTcc > 1:356831/1‑150 (MQ=255) aGGTCGTTGAAGTACTTGTGGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAATAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACTAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTccagc > 2:472339/1‑150 (MQ=255) ttGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGaa < 1:2958/150‑1 (MQ=255) tGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTCGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAAc < 2:594190/150‑1 (MQ=255) tACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGc < 1:486280/150‑1 (MQ=255) aCTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGcc > 1:315734/1‑150 (MQ=255) gtCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCAc < 1:62406/57‑1 (MQ=255) gtCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCAc > 2:62406/1‑57 (MQ=255) tGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTgaaga > 2:200551/1‑150 (MQ=255) cATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACTAGGATCCCGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGAGGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTc > 1:565305/1‑150 (MQ=255) tgatgCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCt < 2:315734/150‑1 (MQ=255) ccgGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCTTGAAGAtct < 1:118169/150‑1 (MQ=255) | GCTGCAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCTTGAAGATCT > NC_002947/5231960‑5232253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |