Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,427,336 | T→A | 12.6% | D272V (GAC→GTC) | rhlE‑I ← | ATP‑dependent RNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,427,336 | 0 | T | A | 12.6% | 143.2 / 12.2 | 56 | D272V (GAC→GTC) | rhlE‑I | ATP‑dependent RNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/23); new base A (4/3); total (30/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
GGTCGAGGTTGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAGGCA > NC_002947/5427190‑5427480 | ggTCGAGGTTGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCgg < 2:371617/150‑1 (MQ=255) ttGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACg > 2:307718/1‑150 (MQ=255) ttGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACg > 1:320349/1‑150 (MQ=255) acCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCg < 2:33254/150‑1 (MQ=255) gCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCa > 1:579162/1‑150 (MQ=255) aGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAgc < 1:303718/150‑1 (MQ=255) gTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAgcg > 1:352504/1‑150 (MQ=255) aTCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCATCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTc > 1:47021/1‑150 (MQ=255) cAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTg > 2:228169/1‑150 (MQ=255) gCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATc > 2:579861/1‑150 (MQ=255) ccACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGc > 1:111808/1‑150 (MQ=255) acaTCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCgg < 2:579162/150‑1 (MQ=255) acaTCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCgg < 2:352504/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCtt > 2:166910/1‑150 (MQ=255) tCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTgg < 1:307718/150‑1 (MQ=255) cGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGc < 2:514085/150‑1 (MQ=255) caccaGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCa > 2:561974/1‑104 (MQ=255) caccaGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCa < 1:561974/104‑1 (MQ=255) caGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGATCACAGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCGGATCGCCGCCATTGCGGGTCTTGGCGAacac > 1:57591/1‑150 (MQ=255) aGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTACAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGCGCGGCGTCACCGTGGAAGACGGACCCCAGCGTCGACCTGCGG‑‑ATCAATCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACAcc > 1:293591/1‑150 (MQ=255) cACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCCGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAg > 1:150214/1‑150 (MQ=255) gCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTg > 2:532844/1‑134 (MQ=255) gCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTg < 1:532844/134‑1 (MQ=255) cTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCtt > 2:52446/1‑150 (MQ=255) cTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCtt > 1:337972/1‑150 (MQ=255) tCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTc > 1:294979/1‑150 (MQ=255) cACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTcc > 1:189552/1‑150 (MQ=255) gCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAgcgc > 1:202924/1‑150 (MQ=255) gAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGACTGTGGCAGGTCACCGTGGATGCC‑GGCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCtt > 2:6450/1‑150 (MQ=255) aaGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTg > 1:382518/1‑150 (MQ=255) tGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCgca < 2:337972/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGGGTGCCGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCgcagca < 2:47021/150‑1 (MQ=255) cAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAac < 2:510051/115‑1 (MQ=255) cAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAac > 1:510051/1‑115 (MQ=255) gcACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTgg < 1:99048/150‑1 (MQ=255) tcagCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGa > 2:610406/4‑83 (MQ=255) tcagCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCCGa < 1:610406/80‑1 (MQ=255) tGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAAc < 1:166910/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCgca < 2:215725/130‑1 (MQ=255) gTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCgca > 1:215725/1‑130 (MQ=255) gTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCa < 2:168089/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCtt < 2:197450/150‑1 (MQ=255) ggCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGct < 2:320349/150‑1 (MQ=255) gCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGctt > 2:336674/1‑150 (MQ=255) gggTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCACTCACG‑CCTTCGGCCAGCGAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCCAACAGCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTTGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGcgtc < 2:75904/149‑1 (MQ=255) cgctCACCGTCGATGCC‑CACGTCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGACAGCGGCGCGcttc < 2:57591/147‑1 (MQ=255) cACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGt > 1:158401/1‑150 (MQ=255) ggcGTGAATGCC‑GACGGCATCCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTc > 1:503391/3‑150 (MQ=255) aCCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTc > 2:355208/1‑150 (MQ=255) gcGTGAATGCC‑GACGGCATCCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAgc < 1:569793/99‑1 (MQ=255) gcGTGAATGCC‑GACGGCATCCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAgc > 2:569793/2‑100 (MQ=255) gtgaaTGCC‑GACGGCATCCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTc < 2:139074/143‑1 (MQ=255) gTGAATGCC‑GACGGCATCCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTc > 1:139074/1‑147 (MQ=255) ggATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAg < 2:293591/150‑1 (MQ=255) ggATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAg < 2:150214/150‑1 (MQ=255) tGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAGGCa < 2:158401/150‑1 (MQ=255) | GGTCGAGGTTGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCC‑GTCGGCATTCACG‑CCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAGGCA > NC_002947/5427190‑5427480 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |