| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 287,245 | G→T | 17.4% | T288T (ACC→ACA) | tauA ← | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 287,245 | 0 | G | T | 17.4% | 50.8 / 4.7 | 23 | T288T (ACC→ACA) | tauA | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/10); new base T (2/2); total (11/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
CGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCTTGGCACCGGACAGCTTCACCAGCTTGTCTACGTTGCCCTTGTCGGCCAGCCAGGCTTTCGG > NC_002947/287101‑287388 | cgcTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCgg < 1:214954/150‑1 (MQ=255) gcTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGGTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGgc < 1:189761/150‑1 (MQ=255) cATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGACGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCt > 2:318730/1‑150 (MQ=255) aggaaCTTGGCGCTGACGTACGGCGAGCAGCCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTg < 1:308318/150‑1 (MQ=255) aaCTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGccc > 2:203376/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCcag < 2:68392/150‑1 (MQ=255) gCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGtt < 1:495024/127‑1 (MQ=255) gCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGtt > 2:495024/1‑127 (MQ=255) gtCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTTGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAgcagca < 1:183557/134‑1 (MQ=255) gtCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTTGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAgcagca > 2:183557/1‑134 (MQ=255) gtCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTTGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAgcagca > 2:183560/1‑134 (MQ=255) gtCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTTGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAgcagca < 1:183560/134‑1 (MQ=255) gtCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGc > 2:337777/1‑150 (MQ=255) gtCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGc < 1:203376/150‑1 (MQ=255) cGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCtt < 1:337777/150‑1 (MQ=255) ggCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCTTg > 1:485029/1‑150 (MQ=255) tGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCggg > 2:206076/1‑100 (MQ=255) tGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCggg < 1:206076/100‑1 (MQ=255) aCTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCTTGGCACCGGACAGCTTc > 1:335939/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCTTGGCACCGGACAGCTTCACCAGCt > 2:156978/1‑150 (MQ=255) ggAAGTTGGGGGTGGCCGACAACGCGTGGGGGTCCTGCGCGCCCAGGGCGTAGGCCTCGTACGCTGAGATTGTTTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCTTGGCACCGGACAGCTTCACCAGCTTGTCTACGTTGc < 1:318730/150‑1 (MQ=255) gtgtCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGACCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCTTGGCACCGGACAGCTTCACCAGCTTGTCTACGTTGCCCTTGTCGgcc > 2:602157/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCTTGGCACCGGACAGCTTCACCAGCTTGTCTACGTTGCCCTTGTCGGCCAGCCAGGCTTTCgg < 2:485029/150‑1 (MQ=255) | CGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGGAAGTTGGCGGTGTCCGTCAGCGCCTGGGTGGTCGGCGCGCCCAGGGCGTTGGCCTGGTCAGCGGCCAGCGGGTAGACGTTGCCCTCCAGCAGCACCGGGATGTCGCTGGCCTTGGCACCGGACAGCTTCACCAGCTTGTCTACGTTGCCCTTGTCGGCCAGCCAGGCTTTCGG > NC_002947/287101‑287388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |