| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,959,891 | G→A | 19.2% | A33V (GCC→GTC) | rnk ← | nucleotide diphosphokinase regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,959,891 | 0 | G | A | 19.2% | 47.8 / 6.2 | 26 | A33V (GCC→GTC) | rnk | nucleotide diphosphokinase regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/12); new base A (2/3); total (11/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
CATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGCAAATAAAG > NC_002947/5959745‑5960037 | cATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGa < 1:14495/150‑1 (MQ=255)cATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGa > 2:14495/1‑150 (MQ=255) tCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGCCCTGCAGGACGAGc < 2:381954/150‑1 (MQ=255) cTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGCCCTGCAGGACGAGctt < 1:482050/150‑3 (MQ=255) tGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCacac < 2:393560/150‑1 (MQ=255) acCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCACTGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTa < 2:185783/150‑1 (MQ=255) cAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGAACCCCCGGCGTAct > 2:131883/1‑150 (MQ=255) ggtggtAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCCACCGCGAGTTCACCGGCACCACTCCCGCCGGCACATCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGa < 1:442459/150‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCCCCTGCTCGGCGCCGTCAACCTCATCCTGCAGGACGAGCACATCCAGCGTACTCTCGGCGAGGCTGTCg > 2:194091/1‑150 (MQ=255) cTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACCTGGTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACg < 1:194091/150‑1 (MQ=255) ggCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTa > 1:103279/1‑150 (MQ=255) cACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCaa > 2:346450/1‑150 (MQ=255) gcgAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCggg < 1:158906/150‑1 (MQ=255) gTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAgg < 1:588572/150‑1 (MQ=255) cacGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTAc > 1:401017/1‑123 (MQ=255) cacGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTAc < 2:401017/123‑1 (MQ=255) gcccgccGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCtt < 2:102277/150‑1 (MQ=255) aCTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATg > 2:245804/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTAc > 1:516540/1‑83 (MQ=255) gcgcGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTAc < 2:516540/83‑1 (MQ=255) cAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAAAAGGCAGTTTTCa < 2:552560/150‑1 (MQ=255) cTCGCCCTGCAGGACGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAgg < 2:171033/88‑1 (MQ=255) cTCGCCCTGCAGGACGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAgg > 1:171033/1‑88 (MQ=255) gCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGCAAATaa > 1:343034/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGCAAATaaa > 1:595562/1‑150 (MQ=255) aGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGCAAATAAAg < 1:245804/150‑1 (MQ=255) | CATCCTTGGGGTACACCAGTGTCAGGTGGTAGTCCTTGCCGCTGGCTTCCTCACGGCAGTGCACCCGCGAGTTCATGGTCACCACGCCCGCCGGCACTTCCTCGTGACCGACCACCTGCTCGGCGCGGTCAAGCTCGTCCTGCAGGGCGAGCACACCCGGCGTACTCTCGTCGAGGCTGTCGATCAGACGCTCCAGACGCTGTACGTCCAATCGGGTGAGGATGAGGGAAGGCTTGGTGCTCATGATCCAGTCAGACTCCTTTGAACAGGCAGTTTTCAATGTGCAAATAAAG > NC_002947/5959745‑5960037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |