| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,125,010 | C→T | 10.0% | E46E (GAG→GAA) | gcvT‑I ← | aminomethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,125,010 | 0 | C | T | 10.0% | 103.4 / 3.7 | 41 | E46E (GAG→GAA) | gcvT‑I | aminomethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/22); new base T (2/2); total (17/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
ATTGGTGAACATGGCATAGCGCTGCATACCCACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCAGGGCATGCAGTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCG > NC_002947/1124869‑1125142 | aTTGGTGAACATGGCATAGCGCTGCATACCCACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGgt > 1:302433/1‑150 (MQ=255) aTAGCGCTGCATACCCACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCtt < 2:444071/150‑1 (MQ=255) tGCATACCCACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCAATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACg > 1:325330/1‑150 (MQ=255) aCCCACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAg < 2:570643/150‑1 (MQ=255) cccACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTTAGCACGCCCAGc < 2:335063/150‑1 (MQ=255) ccACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCg > 2:472002/1‑150 (MQ=255) cACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGccg < 2:280900/150‑3 (MQ=255) aCTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCCCGCCCAGCggg > 2:368444/1‑150 (MQ=255) atgatgTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGc < 1:308757/150‑1 (MQ=255) tgatgTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCGCCGGCa > 1:329907/1‑150 (MQ=255) gatgTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCAt < 1:48980/150‑1 (MQ=255) tCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCg > 2:142712/1‑150 (MQ=255) cACCGGTACAAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGGAGGTTTTCCTTTAGCACGGCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTa < 1:553324/150‑1 (MQ=255) aGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAAc < 2:505318/150‑1 (MQ=255) cTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGc < 2:460456/150‑1 (MQ=255) tttCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGc < 1:157223/138‑1 (MQ=255) tttCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGc > 2:157223/1‑138 (MQ=255) aGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGTTcgac > 2:469396/1‑75 (MQ=255) aGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGTTcgac < 1:469396/77‑3 (MQ=255) gcgcCGTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGc < 2:63455/150‑1 (MQ=255) ggcggcGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTc > 2:119190/1‑84 (MQ=255) ggcggcGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTc < 1:119190/84‑1 (MQ=255) gcggcgTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTg > 2:366817/1‑107 (MQ=255) gcggcgTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTg < 1:366817/107‑1 (MQ=255) gcgcCACGCAGAATGATCTGGCCAATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGa < 2:325330/150‑1 (MQ=255) aCGCAAAATAATCTTGCCCATGTGAGAAACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCAAGCGGGTACTGCATCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCAg < 2:302433/150‑1 (MQ=255) aGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACAGGCATGTCGTAGCCGGCGAAGGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCAGGGCa < 1:472002/150‑1 (MQ=255) tCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATg < 2:23626/116‑1 (MQ=255) tCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATg > 1:23626/1‑116 (MQ=255) gCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGa > 1:259631/1‑130 (MQ=255) gCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGa < 2:259631/130‑1 (MQ=255) tgtgCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCAGAGCATGCAGTGGGGTCTTGa < 1:21245/150‑1 (MQ=255) cGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCAGGGCATGCAGTGGGGTCTTGAGCAGTGttt < 1:551065/150‑1 (MQ=255) gTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCAGGGCATGCAGTGGGGTCTTGCGCAGTGTTTc > 2:118520/1‑150 (MQ=255) gcGAGCAGGCCGGCCTGGTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCCAGCACACGCCCAGCGGATAGTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCAGGGCATGCAGTGGGGTCTTGAGCAgtgagatc > 2:481050/2‑145 (MQ=255) gcAGGCCGGCCTGTTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCa < 2:209690/113‑1 (MQ=255) gcAGGCCGGCCTGTTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCa > 1:209690/2‑114 (MQ=255) gccggccTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTa < 2:421533/51‑1 (MQ=255) gccggccTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTa > 1:421533/1‑51 (MQ=255) tGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTAc > 2:540068/1‑45 (MQ=255) tGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTAc < 1:540068/45‑1 (MQ=255) | ATTGGTGAACATGGCATAGCGCTGCATACCCACTGGCAGGTCGATGATGTCCACCGGTACCAGGCTTTCCAGCGCCTTGGCGGCGTCAGCGCCACGCAGAATGATCTGGCCCATGTGCGAGACGTCGAACAGGCCGGCCTGCTCGCGGGTGTGCAGGTGTTCCTTGAGCACGCCCAGCGGGTACTGCACCGGCATGTCGTAGCCGGCGAACGGCACCATGCGTGCACCCAGTTCCAGATGCAGGGCATGCAGTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCG > NC_002947/1124869‑1125142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |