Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,376,328 | G→C | 11.1% | intergenic (+31/+18) | kup → / ← PP_1201 | potassium transport system protein Kup/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,376,328 | 0 | G | C | 11.1% | 100.7 / 5.0 | 36 | intergenic (+31/+18) | kup/PP_1201 | potassium transport system protein Kup/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/14); new base C (2/2); total (20/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
GTCGCGCTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCT > NC_002947/1376180‑1376464 | gTCGCGCTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCaga < 1:149805/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCaga > 1:322874/1‑150 (MQ=255) cgcTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCgg < 2:322874/150‑1 (MQ=255) gcTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGc > 2:407561/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGcc < 1:342691/150‑1 (MQ=255) gCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCCGTACGAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCt > 1:460392/1‑150 (MQ=255) gCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCt < 2:469757/150‑1 (MQ=255) aaTGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGa < 2:593950/150‑1 (MQ=255) tGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACt > 2:128714/1‑150 (MQ=255) gCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACtt < 1:585381/150‑1 (MQ=255) cGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCtt < 1:128714/150‑1 (MQ=255) ttGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGt > 1:250237/1‑150 (MQ=255) ttGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGt < 2:250237/150‑1 (MQ=255) cgcTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTc < 2:269580/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGcc > 2:291113/1‑150 (MQ=255) cTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCCTGTCAGTTCTGCt < 2:82463/107‑1 (MQ=255) cTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCCTGTCAGTTCTGCt > 1:82463/1‑107 (MQ=255) tGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGc > 1:498796/1‑145 (MQ=255) tGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGc < 2:498796/145‑1 (MQ=255) tGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATc > 1:572667/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATc > 1:212990/1‑150 (MQ=255) ccGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCaa < 2:212990/150‑1 (MQ=255) aGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCggg < 1:407561/150‑1 (MQ=255) gTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGt > 2:218552/1‑61 (MQ=255) gTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGt < 1:218552/61‑1 (MQ=255) tCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAg > 1:465140/1‑150 (MQ=255) aTCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAgtggtg > 2:329563/1‑150 (MQ=255) tGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCACACGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGccc > 1:466432/1‑150 (MQ=255) gAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCg > 1:30890/1‑150 (MQ=255) tGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCAGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCa > 2:179611/1‑150 (MQ=255) gggTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAgg > 1:500944/1‑150 (MQ=255) ggTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGc > 2:578342/1‑150 (MQ=255) gTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCa < 2:30890/150‑1 (MQ=255) acTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCt > 2:421821/2‑150 (MQ=255) tCAGGGCCGCTCTGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGaa < 1:455587/119‑1 (MQ=255) tCAGGGCCGCTCTGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCa > 2:461710/1‑142 (MQ=255) tCAGGGCCGCTCTGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCa < 1:461710/142‑1 (MQ=255) tCAGGGCCGCTCTGAGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGaa > 2:455587/1‑119 (MQ=255) | GTCGCGCTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCT > NC_002947/1376180‑1376464 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |