Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,468,175 | A→T | 12.6% | V175D (GTC→GAC) | algE ← | alginate production protein AlgE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,468,175 | 0 | A | T | 12.6% | 105.5 / 5.8 | 39 | V175D (GTC→GAC) | algE | alginate production protein AlgE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/17); new base T (3/2); total (20/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
GTGTGTGGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTGTAGC > NC_002947/1468038‑1468322 | gtgtgtgGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGTCGCCCAgc < 2:394800/146‑2 (MQ=255) gtgtgtgGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGTCGCCCAgc > 1:394800/1‑145 (MQ=255) tgtgGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCt > 1:306845/1‑150 (MQ=255) tggtgAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTg > 2:279571/1‑150 (MQ=255) cgcgcAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAgg < 1:233121/150‑1 (MQ=255) cAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGa > 1:470645/1‑150 (MQ=255) aaCCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGaa > 1:208228/1‑150 (MQ=255) aaCCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGaa < 2:496614/150‑1 (MQ=255) aCCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAg < 2:331358/150‑1 (MQ=255) aCCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCACATCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAg < 1:450322/150‑1 (MQ=255) ccAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAg > 2:29660/1‑148 (MQ=255) ccAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAg < 1:29660/148‑1 (MQ=255) tGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAg > 1:401779/1‑150 (MQ=255) tCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCtt > 2:437853/1‑150 (MQ=255) tgtgGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGtt < 1:438077/150‑1 (MQ=255) gCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTa < 2:401779/150‑1 (MQ=255) ccGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCcac > 2:156511/1‑150 (MQ=255) cGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCcaca < 1:437853/150‑1 (MQ=255) cGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCcaca > 1:519422/1‑150 (MQ=255) gTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACAt < 1:253677/150‑1 (MQ=255) tgGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACAtccagcca < 2:519422/150‑8 (MQ=255) ggTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAg < 1:444239/103‑1 (MQ=255) ggTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAg > 2:444239/1‑103 (MQ=255) ttCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCTGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTg < 1:156511/150‑1 (MQ=255) tCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTgg < 2:208228/150‑1 (MQ=255) ggTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGGGCTGGCGACCGAAGCGCAg > 1:31322/1‑150 (MQ=255) ggTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAg > 1:217837/1‑150 (MQ=255) gaTCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCt > 2:79946/1‑150 (MQ=255) tCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCg > 2:584400/1‑150 (MQ=255) gCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTgg > 2:157008/1‑150 (MQ=255) gCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGt > 1:54734/1‑150 (MQ=255) gCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGAACGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGt > 2:75624/1‑150 (MQ=255) aTCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGc < 2:217837/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCGTCGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGgc > 2:402689/2‑102 (MQ=255) ccTGGGCGTCGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGgc < 1:402689/101‑1 (MQ=255) cTGGGCGTCGCCCAGGGCGGCCTCGAGCAAGGAGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGGCACATGCCATCGTAGCTGCGCAGGCGCTGGCGACGGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGCAGCAGGTAAGGcctcg > 2:66958/1‑147 (MQ=255) gggCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTGt < 2:306845/150‑1 (MQ=255) ggCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGAACGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTGTa < 1:75624/150‑1 (MQ=255) cGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTGTAGc < 1:79946/150‑1 (MQ=255) | GTGTGTGGTGAGCGCGCAGGCCAACCCAGTGGCCAGGGGTCCACTGTGTGGCGACGTTGCCGTAGATGTGGGTGCGGTCCTTGTCTTCCGGCGCCAGTTCGGTGAGATCGGTGCGGTATTCGCTGAATCGCTGGGCGACGCCCAGGTCGGCCTTGAGCAAGGTGGTATCGAAGGTCCAGTTCAGCGCTTCGATGTTGGTATCGCGCCACATGCCATCGTCGCTGCGCAGGCGCTGGCGACCGAAGCGCAGTTGCTCGCCTGGGTAGGCGGTAAGGCCGCTGTAGC > NC_002947/1468038‑1468322 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |