| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4159127 = | 41 (1.610) | 7 (0.310) | 7/240 | 1.7 | 16.6% | intergenic (+31/‑178) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 4159187 = | 34 (1.520) | intergenic (+91/‑118) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGA > NC_002947/4158980‑4159273 | gatgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAAc > 2:285379‑M1/148‑150 (MQ=255) tgcattgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAAccc > 2:450168‑M1/146‑150 (MQ=255) gCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑c < 1:25488/150‑1 (MQ=255) ccAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑Ct < 1:15084/150‑1 (MQ=255) attgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCG‑Ct < 1:586690‑M1/8‑1 (MQ=255) attgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCG‑Ct < 1:298384‑M1/8‑1 (MQ=255) ttgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCG‑CTc < 2:494315‑M1/9‑1 (MQ=255) cAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTc < 1:308045/150‑1 (MQ=255) tCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACa < 2:593027/150‑1 (MQ=255) catggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCG‑CTCCTACAgg > 1:460337‑M1/135‑150 (MQ=255) ccAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAggt < 2:617471/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAggt < 2:583544/150‑1 (MQ=255) atggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCG‑CTCCTACAggt < 2:393783‑M1/17‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTGAACCCG‑CTCCTACAgggg > 2:87032/1‑148 (MQ=255) tGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAggtgggtgg > 1:261787/1‑149 (MQ=255) ccACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGcc > 2:402420/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGaa < 1:477353/150‑1 (MQ=255) cACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAg > 2:560798/1‑150 (MQ=255) gtttcGAGCCACAACCAGTGGCAGGTTCGCGGGAGGCTCGAGATTCCCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTAGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGccc < 2:130828/146‑1 (MQ=37) gtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAg > 1:393783‑M1/100‑150 (MQ=255) tCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAAACCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAgg > 2:573716/1‑150 (MQ=255) aaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAAc < 1:617697‑M1/3‑1 (MQ=255) aaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAAc > 2:617697‑M1/97‑99 (MQ=255) aaCCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCgg < 1:560798/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCgg < 2:100248/142‑1 (MQ=255) gCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCgg > 1:100248/1‑142 (MQ=255) gTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTCACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGa < 1:545928/150‑1 (MQ=255) gagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtaAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGa < 1:260560‑M1/53‑1 (MQ=255) gagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtaAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGa > 2:260560‑M1/69‑121 (MQ=255) tgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGc > 2:344997‑M1/63‑117 (MQ=255) tgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGc < 1:344997‑M1/55‑1 (MQ=255) ccTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGt > 2:467693/1‑150 (MQ=255) tGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGttt > 2:324765/1‑150 (MQ=255) ggggTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGttttt > 2:236323/1‑150 (MQ=255) gcaacgaggggggctgtgaaaaacctggagaccgagtcggctgcttcgcgggtaAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGttttt > 2:531968‑M1/55‑150 (MQ=255) aGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTcaca > 2:48215/1‑147 (MQ=255) aGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTcaca < 1:48215/147‑1 (MQ=255) aGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGCAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCCCAGcc > 2:586690/1‑150 (MQ=255) aGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCAcc < 2:255206/108‑1 (MQ=255) aGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCAcc > 1:255206/1‑108 (MQ=255) gggCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGtt < 1:245351/149‑1 (MQ=255) gggCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGtt > 2:245351/1‑149 (MQ=255) tGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCCAGGTTTTTCACCGCCCCCCTCGCTGCCGGCcac > 2:290298/1‑150 (MQ=39) aCCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGtt > 2:343764/1‑136 (MQ=255) aCCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGtt < 1:343764/136‑1 (MQ=255) gAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCg < 1:402420/150‑1 (MQ=255) gAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCAGACCGCGAC‑GATCGGGGTGTCCCTGGATGTGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCg < 2:380843/150‑1 (MQ=255) tCGGCTGGTTCGCGGGGAAACCCG‑CTCCTACGGGTGGGTGTTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCACCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTa < 2:265582/150‑1 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAg > 2:530687/1‑105 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAg < 1:530687/105‑1 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGCGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAtgg > 1:147305/1‑150 (MQ=255) ctgctTCGCGGGTAAACCCG‑CTACTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCAACCGAGAAGCAGGCAGCTCCGTCTCGAGGTTGTTCACAGGCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAtggt < 1:264372/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGgtggtg > 2:36933/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGgtggtg > 1:124757/1‑150 (MQ=255) ggTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAaag < 2:124757/150‑1 (MQ=255) gTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAaaga > 1:1529/1‑150 (MQ=255) | TTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGA > NC_002947/4158980‑4159273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |