New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5311227 = | NA (NA) | 18 (0.320) | 15/256 | 3.2 | 47.1% | noncoding (1503/1522 nt) | PP_16SG | 16S ribosomal RNA |
? | NC_002947 | 5311239 = | 21 (0.360) | noncoding (1491/1522 nt) | PP_16SG | 16S ribosomal RNA | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
CCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACACCGTGGTAACCGTCC > NC_002947/5311080‑5311293 | ccTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAg > 2:847036/1‑150 (MQ=255) ccTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAg < 1:696200/150‑1 (MQ=255) aTCAGGGGTGCGCTCTAACCAACTGAGCTACAGACCTAAGAGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTc < 1:352544/150‑1 (MQ=255) cAGGGGTGCGCTCTAACCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATTCAGCCGCAGGTTccc < 1:270095/150‑1 (MQ=255) tGCGCTCTAACCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACgg < 2:1003351/150‑1 (MQ=255) tctAACCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGACTCAAGCACTTCGTGAGGTAGTTCATCAGCAGGTTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTAcc > 2:1279136/1‑150 (MQ=21) aCCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCa > 2:168846/1‑128 (MQ=255) aCCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCa < 1:168846/128‑1 (MQ=255) cAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTa < 2:1140543/150‑1 (MQ=255) cAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTa < 1:238615/150‑1 (MQ=255) aaCTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGCTTGAGATTGCAATCCGAACTAAGGAATTCGGCAGGTATCTCATCAGCAGGCTGATGTAGTCGATGAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTAc > 1:1140543/1‑150 (MQ=9) cTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCa < 1:830530/150‑1 (MQ=255) tACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGCCTTCAc > 1:20403/1‑150 (MQ=255) aCCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGGTTGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAg > 1:574607/1‑150 (MQ=255) cTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGtt > 1:69035/1‑133 (MQ=255) cTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGtt < 2:69035/133‑1 (MQ=255) cTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTc > 2:1311045/1‑150 (MQ=255) tAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGt > 2:640986/1‑131 (MQ=255) tAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGt < 1:640986/131‑1 (MQ=255) ggTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGaa > 1:159951/1‑150 (MQ=255) aaCTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATcaca < 1:215909/150‑1 (MQ=255) cTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAcc < 1:1321462/150‑1 (MQ=255) cTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAcc < 1:1329621/150‑1 (MQ=255) tGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACACCGTg < 2:159951/150‑1 (MQ=255) tCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACACCGTGGTaa > 1:58844/1‑150 (MQ=38) tCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACACCGTGGTaa > 2:970932/1‑150 (MQ=38) tCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACACCGTGGTAACCGTcc > 1:463499/1‑150 (MQ=34) | CCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACCAACTGAGCTACAGACCTAAGGGTAAAACTTTGGGTCTTGATCGTCTTTATACAATGAATCAAGCAATTCGTGTGGGAGCTCATCAGCAGGCTGATGTCGTCGATTAAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACACCGTGGTAACCGTCC > NC_002947/5311080‑5311293 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |