| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 564,385 | Δ1 bp | 9.9% | intergenic (+34/‑139) | rplQ → / → katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 564,385 | 0 | T | . | 9.9% | 253.3 / 23.8 | 91 | intergenic (+34/‑139) | rplQ/katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/40); new base . (4/5); total (45/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
GCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCA > NC_002947/564239‑564530 | gcggcgACCTGTCTATCCTGAACTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGGTCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTTCTGAGTAAG‑GCGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGcc < 2:763988/150‑1 (MQ=255) ggcTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCg > 1:866568/1‑150 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGtt < 1:28953/150‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtt > 1:1086115/1‑150 (MQ=255) cTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGttttt < 2:177986/150‑1 (MQ=255) cTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGttttc > 1:1934733/1‑149 (MQ=255) gcgcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTg < 2:294873/150‑1 (MQ=255) cATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGttt < 2:2326512/150‑1 (MQ=255) aTCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTta > 2:2260962/1‑150 (MQ=255) tCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTGtagca < 2:1934733/150‑5 (MQ=38) ccTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGtt < 1:938961/146‑1 (MQ=255) ccTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGGGCCCGGTTTTTTGtt > 2:938961/1‑146 (MQ=255) tGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTta < 1:1381198/146‑1 (MQ=255) tGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTta > 2:1381198/1‑146 (MQ=255) tGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACa > 2:350763/1‑150 (MQ=255) gAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAAAAACCCTGGC‑CGAGGGCGCGGTTGTTTGGGTATACAt < 2:2233126/150‑1 (MQ=255) gTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTa > 1:1707608/1‑150 (MQ=255) gCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTAtt < 1:2260962/150‑1 (MQ=255) ggTTCCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGCAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGt > 2:1172243/1‑150 (MQ=255) ttCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTAATCGTCAGAAAACTGATC‑CTTTTTCTCGTGTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTa < 1:299351/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTAt < 2:540128/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTc > 1:515017/1‑150 (MQ=255) gggACAACGCGCCTGTGGGGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTGCAGCACACCGTGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGa < 2:332234/148‑1 (MQ=255) 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gcgcCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTg < 2:937265/128‑1 (MQ=255) gcgcCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTc > 2:1153673/1‑150 (MQ=255) tATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGtt < 1:1026156/110‑1 (MQ=255) tATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGtt > 2:1026156/1‑110 (MQ=255) tATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAtt < 1:578775/135‑1 (MQ=255) tATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAtt > 2:578775/1‑135 (MQ=255) 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gTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAAt > 2:419039/1‑150 (MQ=255) gTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAAt > 2:418002/1‑150 (MQ=255) ttGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGt > 1:71526/1‑75 (MQ=255) ttGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGt < 2:71526/75‑1 (MQ=255) gATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCtt > 2:1988765/1‑150 (MQ=255) gtCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAG‑ACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTg > 2:1150329/2‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |