| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,797,384 | Δ1 bp | 11.8% | coding (43/777 nt) | lpxA → | acyl‑[acyl‑carrier‑protein]‑‑UDP‑N‑ acetylglucosamine O‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,797,384 | 0 | A | . | 11.8% | 298.7 / 35.4 | 102 | coding (43/777 nt) | lpxA | acyl‑[acyl‑carrier‑protein]‑‑UDP‑N‑ acetylglucosamine O‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/46); new base . (6/6); total (49/53) | |||||||||||
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Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATC > NC_002947/1797236‑1797533 | cAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAg > 2:2361888/1‑150 (MQ=255) ttCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑Tgg > 2:883420/1‑150 (MQ=255) cAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCGCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCACTATCGATCCGTCGGCC‑AGCTTGGCCGAc < 2:1252829/150‑1 (MQ=255) 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tAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTc < 2:1522664/150‑1 (MQ=255) tAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTc < 2:1830272/150‑1 (MQ=255) aaGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAg < 1:975043/150‑1 (MQ=255) aaGCATGATCTGGAAGTACGAGGCCCGCGCCTTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAg < 1:121248/150‑1 (MQ=255) gCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCACATGTCAATGGCAAGCCGGTATGATAGGCAGCAATCTCCTCCGAGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGt < 2:1706157/150‑1 (MQ=255) 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gggCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAAcc < 1:1303045/150‑1 (MQ=255) gCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCTTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCGGATTTAGAACTCGGGGACGTCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGt > 1:168520/1‑150 (MQ=255) ccATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATTGGCAAGGACAACCGTa < 2:1107341/150‑1 (MQ=255) aTCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCttt > 1:1506113/1‑150 (MQ=255) tCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCttt > 1:974139/1‑149 (MQ=255) gacgccGTCGGCC‑AGCTTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCa > 1:2083750/5‑150 (MQ=255) cGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCAGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCa < 2:1284568/150‑1 (MQ=255) gTCGGCC‑AGCTTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTc > 1:1611273/1‑150 (MQ=255) gTCGGCC‑AGCTTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTc > 1:2338453/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAAGC‑T‑GACGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTccc > 1:554002/1‑149 (MQ=255) gCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCg > 1:2146762/1‑150 (MQ=255) ccAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTGTCAGTTTTCCTCGa > 1:1074662/1‑150 (MQ=255) cAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCgg < 2:918135/63‑1 (MQ=255) cAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCgg > 1:918135/1‑63 (MQ=255) aaGC‑GGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGCCCCTGAGGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTAAAAGTCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATc < 1:1022218/150‑1 (MQ=255) | CCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATC > NC_002947/1797236‑1797533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |