| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,719,298 | Δ1 bp | 6.6% | coding (382/585 nt) | nfuA → | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 2,719,298 | 0 | A | . | 6.6% | 404.0 / 22.6 | 137 | coding (382/585 nt) | nfuA | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/62); new base . (4/5); total (69/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GCGCTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCT > NC_002947/2719151‑2719446 | gcgcTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGgccagc < 1:127420/150‑1 (MQ=255) gcTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGTTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGgccagccc > 2:531834/1‑149 (MQ=255) gcTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACACAGGACTTggcagccc > 2:134099/1‑149 (MQ=255) 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2:2159704/1‑150 (MQ=255) cAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGa < 2:1987722/150‑1 (MQ=255) aaCCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAg > 1:1091784/1‑150 (MQ=255) aaCCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAg > 1:656816/1‑150 (MQ=255) aCCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGCTGGCACCCTTCGCGAGc < 2:1282499/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGc < 1:920946/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCa > 1:294545/1‑107 (MQ=255) ccTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGGCTTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTcc > 1:565008/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGa < 2:2232955/150‑1 (MQ=255) gccagccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAg < 1:134099/150‑1 (MQ=255) cagccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCt < 1:1042010/150‑1 (MQ=255) | GCGCTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCT > NC_002947/2719151‑2719446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |