Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,577,914:1 | +A | 5.8% | intergenic (+79/+30) | PP_4057 → / ← glgB | membrane protein/1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,577,914 | 1 | . | A | 5.8% | 544.8 / 24.3 | 137 | intergenic (+79/+30) | PP_4057/glgB | membrane protein/1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (60/69); new base A (5/3); total (65/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCGAGATTGCCGACATTCGACCC > NC_002947/4577769‑4578063 | cagTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCcg > 1:26760/1‑150 (MQ=255) gATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAgggcc < 2:403175‑M2/150‑6 (MQ=255) ggccctgaacctgccgccgttgggggtgttgatcatgaagcccgcctgatcggttggctgtactggccccttcgcgggtaaACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCa > 1:896945‑M1/82‑150 (MQ=255) aTGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCa > 1:1886934/1‑150 (MQ=255) gACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGt < 1:1034324/150‑1 (MQ=255) gACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGt > 1:1455258/1‑150 (MQ=255) gACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGt > 1:1358933/1‑150 (MQ=255) cAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAgg < 1:6874‑M2/142‑3 (MQ=255) cAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAgg > 2:6874‑M2/1‑140 (MQ=255) ctgccgccgttgggggtgttgatcatgaagcccgcctgatcggttggctgtaccggccccttcgcgggtaaACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCaa > 2:300221‑M1/72‑150 (MQ=255) ccTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCaa < 1:2403812/150‑1 (MQ=255) cTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAAc < 1:1711396/150‑1 (MQ=255) cGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATc < 2:901527/150‑1 (MQ=255) 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2:216130/141‑1 (MQ=255) gCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGc > 2:588677/1‑143 (MQ=255) gCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGc > 2:588676/1‑143 (MQ=255) gCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGNCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGc < 1:588676/143‑1 (MQ=255) ccTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGa < 2:1455258/150‑1 (MQ=255) ttGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATc < 2:1197359/150‑1 (MQ=255) 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ccgGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTCCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTc < 1:1311574/141‑1 (MQ=255) gtgcggtgcCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCAcc > 1:1136665/1‑150 (MQ=255) cTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCgaga > 2:2077821/1‑150 (MQ=255) cTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCgaga > 2:2269025/1‑150 (MQ=255) gCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCGAGAtt > 2:1358915/1‑150 (MQ=255) 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gtCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGAAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCGAGATTGCCGACATTCGa < 2:1078394‑M2/148‑1 (MQ=255) ct‑cCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCGAGATTGCCGACATTCGAcc < 1:2269025/150‑1 (MQ=255) t‑cCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGCTCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCGAGATTGCCGACATTCGAccc < 1:1330143/150‑1 (MQ=255) | CAGTGATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCGAGATTGCCGACATTCGACCC > NC_002947/4577769‑4578063 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |