New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1202705 | 83 (0.890) | 5 (0.060) | 5/242 | NT | 5.6% | coding (528/1089 nt) | xcpY | type II secretion pathway protein XcpY |
? | NC_002947 | = 1202731 | 87 (0.960) | coding (554/1089 nt) | xcpY | type II secretion pathway protein XcpY |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GCAGACGGTACGTTGCTGGGCGGAGCTGCAGCTGCTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCA > NC_002947/1202558‑1202854 | gCAGACGGTACGTTGCTGGGCGGAGCTGCAGCTGCTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCtt > 1:1924607/1‑150 (MQ=255) aGACGGTACGTTGCTGGGCGGAGCTGCAGCTGCTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCTTgg < 1:2195500/150‑1 (MQ=255) aGACGGTACGTTGCTGGGCGGAGCTGCAGCTGCTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCTTgg > 2:1581248/1‑150 (MQ=255) 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tggctggcGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCg > 2:1184649/1‑150 (MQ=255) gctggcGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAAtt < 1:990088/80‑1 (MQ=255) gctggcGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGtt > 1:1054925/1‑150 (MQ=255) tggcGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTgc > 2:1727735/1‑150 (MQ=255) tggcGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTgc > 1:2096705/1‑150 (MQ=255) tggcGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCCCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCCCTCGTTgc > 1:1529925/1‑150 (MQ=255) gcGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTgccg < 2:2269713/150‑1 (MQ=255) tGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAAt < 1:651060/72‑1 (MQ=255) tGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAAt > 2:651060/1‑72 (MQ=255) tGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGATCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTgccggcc < 2:872341/150‑1 (MQ=255) gCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGgccgc < 1:1581248/150‑1 (MQ=255) gCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGCCCTGTTCGACCGCGGCCGCAAGGTGCGCAGGGGGCCGgccgc > 2:2358200/1‑150 (MQ=255) cTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCt > 1:2002567/1‑150 (MQ=255) tGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGggcatcaggccacgccagccagtgctcctgtccatcttcggccaagcctttgtagagcgacatgccgggggtgcgttgccattgccaggcgcatcctggcccgggtgatggcagcag < 2:19595‑M2/150‑118 (MQ=255) tGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTc > 2:1935007/1‑150 (MQ=255) aTGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGggcatcaggccacgccagccagtgctcctgtccatcttcggccaagcctttgtagagcgacatgccgggggtgcgttgccattgccaggcgcatcctggctcgg > 1:526836‑M2/1‑31 (MQ=255) aTGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGggcatcaggccacgccagccagtgctcctgtccatcttcggccaagcctttgtagagcgacatgccgggggtgcgttgccattgccaggcgcatcctggctcgg < 2:526836‑M2/135‑105 (MQ=255) gCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGc < 1:1727735/150‑1 (MQ=255) gCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGc < 2:2002567/150‑1 (MQ=255) ccacggtggctgcggcacgccacccaaggcatcaggccacgccagccagtgctcctgtccatcttcggccaagcctttgtagagcgacatgccgggggtgcgttgccattgccaggcgcatcctggctcgggtgatggcagcagctgcag > 2:329259‑M1/1‑1 (MQ=255) cTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCCCACGACGTAGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCca > 1:416608/1‑150 (MQ=255) | GCAGACGGTACGTTGCTGGGCGGAGCTGCAGCTGCTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCA > NC_002947/1202558‑1202854 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |