| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1906724 = | 54 (0.580) | 10 (0.140) | 5/198 | NT | 24.2% | intergenic (+22/+106) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| ? | NC_002947 | 1906818 = | 20 (0.270) | intergenic (+116/+12) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein | |||||
GCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCA > NC_002947/1906577‑1906873 | gCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGc < 1:536917/150‑1 (MQ=255) cgagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctgg > 1:1038794‑M1/149‑150 (MQ=255) cgggcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccaccgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcccgccgcaggggttggttatctagtcgcctgctgctGGcc < 2:973931‑M1/4‑1 (MQ=255) ccgcTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTc < 1:278440/150‑1 (MQ=255) gaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc < 2:884889‑M1/3‑1 (MQ=255) gaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc > 1:884889‑M1/142‑144 (MQ=255) gaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTc < 1:578647‑M1/9‑1 (MQ=255) ctctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTcgcg < 1:1328669/150‑1 (MQ=255) tctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGCAGTGCCATAGATGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCgg < 2:1882409/150‑1 (MQ=255) tACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGcc < 1:2023795/139‑1 (MQ=255) tACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGcc > 2:2023795/1‑139 (MQ=255) tACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCgg > 2:938366/1‑148 (MQ=255) tACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCgg < 1:938366/148‑1 (MQ=255) atgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgttttccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 2:578647‑M1/138‑150 (MQ=255) cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGGCGGGGGACCGGGCGGGGGCTTGA‑ACCCCCTTGCCTCCTGTGGCCGGCTTCTCCGCGGCCa > 2:36105/1‑150 (MQ=255) cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 2:27614/1‑150 (MQ=255) cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 1:1836054/1‑150 (MQ=255) cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 2:1429629/1‑150 (MQ=255) 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gtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAg < 2:1572188‑M1/18‑1 (MQ=255) tcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGc > 1:1368623‑M1/132‑150 (MQ=255) tcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGc > 1:1773912‑M1/132‑150 (MQ=255) tcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggcaagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGc < 1:911756‑M1/19‑1 (MQ=255) ctgnaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGccc < 2:1502154‑M1/21‑1 (MQ=255) ctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGc > 1:1693303‑M1/130‑148 (MQ=255) ctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGc < 2:1693303‑M1/19‑1 (MQ=255) caCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGc < 2:1076537/129‑1 (MQ=255) caCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGc > 1:1076537/1‑129 (MQ=255) gcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGc > 2:656953‑M1/128‑150 (MQ=255) 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cGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAaga < 1:27614/150‑1 (MQ=255) ggTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAagag < 2:195456/150‑1 (MQ=255) gtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGc > 2:1958016‑M1/58‑134 (MQ=255) gtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGc < 1:1958016‑M1/77‑1 (MQ=255) ggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCtt < 1:2449950‑M1/79‑1 (MQ=255) ggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCtt > 2:2449950‑M1/56‑134 (MQ=255) gtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCg < 2:862001‑M1/22‑1 (MQ=255) gtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCg > 1:862001‑M1/52‑73 (MQ=255) ggTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCgg > 1:1153847/1‑118 (MQ=255) ggTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCgg < 2:1153847/118‑1 (MQ=255) cgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctg < 1:588445‑M1/1‑1 (MQ=255) cgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctg > 2:588445‑M1/44‑44 (MQ=255) aGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGAt < 2:1990604/150‑1 (MQ=255) gCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa < 1:2248801/115‑1 (MQ=255) gCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 2:2248801/1‑115 (MQ=255) ccTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCt > 2:559491/1‑71 (MQ=255) ccTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCt < 1:559491/71‑1 (MQ=255) cccTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCtgt < 2:26874/85‑1 (MQ=255) cccTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCtgt > 1:26874/1‑85 (MQ=255) tgcCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCt > 1:2131389/1‑75 (MQ=255) tgcCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCt < 2:2131389/75‑1 (MQ=255) GGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATcca < 2:2167082‑M1/150‑1 (MQ=255) | GCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCA > NC_002947/1906577‑1906873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |