| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2668066 = | 61 (0.650) | 4 (0.060) | 5/190 | NT | 12.8% | intergenic (+41/‑126) | prpF/prpD | aconitate isomerase/2‑methylcitrate dehydratase |
| ? | NC_002947 | 2668155 = | 8 (0.110) | intergenic (+130/‑37) | prpF/prpD | aconitate isomerase/2‑methylcitrate dehydratase | |||||
CGAAGCACGCCAGGTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGGGCTGCACAGCAGCCCCGGCAATTCTGAAGGGAGCTGGA > NC_002947/2667917‑2668190 | cGAAGCACGCCAGGTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCgg < 2:308618/150‑1 (MQ=255) ggtgtccagggcctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGc > 2:2388840‑M1/149‑150 (MQ=255) ggtgtccagggcctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGc > 2:2030762‑M1/149‑150 (MQ=255) gAAGCACGCCAGGTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGc < 1:2308253/150‑1 (MQ=255) gAAGCACGCCAGGTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGc > 1:941529/1‑150 (MQ=255) gtgtccagggcctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctggtcaGcc < 1:1921350‑M1/3‑1 (MQ=255) tccagggcctcgcgggaatcgacccggtagccgatggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccagggctgctgtgcaGCCCtt < 2:1860543‑M1/6‑1 (MQ=255) tccagggcctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCtt < 2:284469‑M1/6‑1 (MQ=255) gCCAGGTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGACATAATAAGCGCAGGATATCGTTGGCTGATGGAGGGGGTTAGCCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTcgc > 1:1225187/1‑150 (MQ=255) agggcctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggtgctgctgtgcaGCCCTTcgc > 1:448640‑M1/142‑150 (MQ=255) agggcctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTcgc > 1:448348‑M1/142‑150 (MQ=255) gggcctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTcgcg < 1:2298841‑M1/10‑1 (MQ=255) ggcctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCgg > 1:284469‑M1/140‑150 (MQ=255) aGGTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCggg < 2:808091/150‑1 (MQ=255) aGGTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCggg < 1:556510/150‑1 (MQ=255) cctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGc > 1:1800655‑M1/138‑150 (MQ=255) gTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCt > 2:1931665/1‑150 (MQ=255) ctcgcgggaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCt < 1:203794‑M1/14‑1 (MQ=255) gAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTg > 1:1143018/1‑150 (MQ=255) aaTGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGc < 2:1143018/150‑1 (MQ=255) gaatcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGc < 2:290394‑M1/21‑1 (MQ=255) gTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGc < 1:1807418/150‑1 (MQ=255) tGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCt > 1:113604/1‑150 (MQ=255) atcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTc < 1:2269366‑M1/23‑1 (MQ=255) atcgacccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgcccatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTc < 1:1018725‑M1/23‑1 (MQ=255) gACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCGTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAACAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCCTGCCCGCTGCcacc < 2:528640/150‑2 (MQ=255) ccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg < 2:121183‑M1/29‑1 (MQ=255) ccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg > 2:2298841‑M1/122‑150 (MQ=255) ccggtagccgagggcgtaatcggccagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctaccttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg > 2:1662166‑M1/122‑150 (MQ=255) ccggtagccgagggcgtaatcggacagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg > 2:2419988‑M1/122‑150 (MQ=255) aCGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAg < 2:263714/150‑1 (MQ=255) cGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAgg < 1:1195703/150‑1 (MQ=255) cGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGCCGTCCGCGTTGAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAgg < 2:1797399/150‑1 (MQ=39) tAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTa‑a < 1:441262/150‑1 (MQ=255) aCCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCcac < 1:1020874/142‑1 (MQ=255) aCCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCcac > 2:1020874/1‑142 (MQ=255) aCCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATc > 1:323975/1‑150 (MQ=255) aCCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATc > 1:1514775/1‑150 (MQ=255) aaGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATcaca > 1:34596/1‑150 (MQ=255) 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atctgTAGTGCTCGCGTGGTGATGGAGGGCGGGGTGCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGc < 2:1962043/146‑1 (MQ=255) ccGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGAGCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCtg < 2:930693/150‑1 (MQ=255) cagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCggg > 2:1019751‑M1/98‑109 (MQ=255) cagggtttgtagcacccggtcgtaatccgggcgatcgttgaggtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCggg < 1:1019751‑M1/12‑1 (MQ=255) gTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATTCtgtt > 2:517223/1‑149 (MQ=255) tAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGCCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCCCAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCtagat > 1:1962043/1‑146 (MQ=255) 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1:208979/149‑1 (MQ=255) gtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCgg > 1:611168‑M1/56‑127 (MQ=255) gtctacgttggcgctcatatccagctcccttcagaattgccggggctgctgtgcaGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCgg < 2:611168‑M1/72‑1 (MQ=255) gCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCtgt < 1:89766/107‑1 (MQ=255) gCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCtgt > 2:89766/1‑107 (MQ=255) gCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGc > 1:1299321/1‑118 (MQ=255) gCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGc < 2:1299321/118‑1 (MQ=255) cacTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGGGCTGCACAGCAGCCCCGGCAATTCTGaa < 1:1746932/150‑1 (MQ=255) cGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGGGCTGCACAGCAGCCCCGGCAATTCTGAAGGGAGCTGGa < 1:1320755/150‑1 (MQ=255) cTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGc > 1:1300961/1‑100 (MQ=255) cTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGc < 2:1300961/100‑1 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCgg < 2:1345335/86‑1 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCgg > 1:1345335/1‑86 (MQ=255) | CGAAGCACGCCAGGTGAATGGTGAGTGGACGGTAACCAAGGCAATCATGAGCCGTAGTGCTCGCGTGCTGATGGAGGGCTGGGTTCGCGTGCCTGGCGATAGCTTCTAAAGCACCACTGGCGCTCGGCTTCAAGAGGGGCCGCTTTGCGGCCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTA‑ATCACAGGGTTTGAATGCTGTGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGGGCTGCACAGCAGCCCCGGCAATTCTGAAGGGAGCTGGA > NC_002947/2667917‑2668190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |