New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4700790 = | 91 (0.980) | 9 (0.110) | 7/222 | NT | 9.5% | intergenic (‑57/+93) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
? | NC_002947 | 4700862 = | 91 (1.100) | intergenic (‑129/+21) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CCGGGGGCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCAC > NC_002947/4700642‑4700939 | ggcagctgccggtcgagcgcttgcaagccttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagcct > 2:208193‑M1/150‑150 (MQ=255) ccGGGGGCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTG < 2:535355‑M1/150‑1 (MQ=255) cGGGGGCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGGGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGT > 1:550296‑M1/1‑150 (MQ=255) cGGGGGCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGT > 2:1489318‑M1/1‑150 (MQ=255) ggggCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAG < 2:515330‑M1/150‑1 (MQ=255) gctgccggtcgagcgcttgcaagccttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAg > 2:487876‑M1/146‑150 (MQ=255) gcgcCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTGACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAACGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGG < 2:1191150‑M1/150‑1 (MQ=255) ggtcgagcgcttgcaagccttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCgg > 1:1416892‑M1/140‑150 (MQ=255) ccAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGttt > 1:186777/1‑150 (MQ=255) ccAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGttt < 1:2068255/150‑1 (MQ=255) ccAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGA > 1:1925599‑M1/1‑142 (MQ=255) ccAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGA < 2:1925599‑M1/142‑1 (MQ=255) ccAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCAGCCGCGTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGaga > 1:1204790‑M1/1‑147 (MQ=255) ccAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGGCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAGAGCGCCCTTAACGTGTAGGAGCaagact > 2:1707364‑M1/1‑144 (MQ=255) cAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACGTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTa > 1:1595108/1‑150 (MQ=255) cacCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcg > 2:1409802‑M1/1‑142 (MQ=255) ccTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCTTCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAATGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:2083034/150‑1 (MQ=255) ccTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCAGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTAT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCACTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 2:1229511/150‑1 (MQ=255) ttCAGCCGGCGTCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCAAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGCAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTAaacccgctccta < 2:1818732‑M1/150‑13 (MQ=255) ttCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATa > 1:1759677/1‑150 (MQ=255) ttCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAATa > 2:1394510/1‑150 (MQ=255) acgcaccggccggggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATa < 1:786314/145‑1 (MQ=255) cttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGt < 1:134621‑M1/29‑1 (MQ=255) ccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 1:166026/136‑1 (MQ=255) ccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 2:166026/1‑136 (MQ=255) cccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTGACTAT‑TTAAACAGTCCGCTATATGAGCGAATTCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGc < 1:1486884/150‑1 (MQ=255) cccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGc > 1:517665/1‑150 (MQ=255) gaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTa < 1:1291459‑M1/4‑1 (MQ=255) cggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcac < 2:836821/150‑1 (MQ=255) ggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcacc < 2:2187848/150‑1 (MQ=255) cctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagcct < 2:398409‑M1/1‑1 (MQ=255) tGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCAt > 2:382296/1‑150 (MQ=255) ccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCAtt > 2:134621‑M1/101‑150 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgg < 1:2185319‑M1/150‑42 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgg < 1:1409802‑M1/150‑42 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 2:313293/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 1:1893103/150‑1 (MQ=255) ccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTcgcg > 1:2291197‑M1/97‑150 (MQ=255) ttGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCggg < 1:1192130/150‑1 (MQ=255) ttGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTG > 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< 2:1867822/150‑1 (MQ=255) aTGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTg < 2:1154814/92‑1 (MQ=255) aTGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctc < 2:261895‑M2/125‑10 (MQ=255) aTGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctc > 1:261895‑M2/1‑116 (MQ=255) aTGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCg < 2:650226/150‑1 (MQ=255) aTGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGG > 2:783245‑M1/1‑69 (MQ=255) tGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGa < 2:737687/150‑1 (MQ=255) 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gccgcTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGc > 1:1370555/1‑150 (MQ=255) gccgcTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGc > 1:83867/1‑150 (MQ=255) ccgcTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTtacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgg > 2:1782041‑M1/1‑40 (MQ=255) ttCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGt > 2:1117911/1‑150 (MQ=255) gggAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTGCCTGCCAGCGCGTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCaa > 2:863588/1‑150 (MQ=255) gAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCt > 1:2014524/1‑115 (MQ=255) gAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCt < 2:2014524/115‑1 (MQ=255) aaGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGcc < 2:152336/150‑1 (MQ=255) aGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCa < 1:417585/97‑1 (MQ=255) gCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAg > 2:580067/1‑150 (MQ=255) aaCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGa < 1:1846898/150‑1 (MQ=255) cGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGCCCTGGTTCACCGAAATCACGCTGacc > 2:1956785/1‑150 (MQ=38) TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGaccac < 1:799739‑M1/150‑1 (MQ=255) | CCGGGGGCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTT‑ACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCAC > NC_002947/4700642‑4700939 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |