| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5119648 | 127 (1.360) | 10 (0.120) | 7/220 | NT | 7.6% | intergenic (+33/+98) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
| ? | NC_002947 | = 5119695 | 131 (1.600) | intergenic (+80/+51) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein | |||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
GATTGCGCGCAAGGCAGCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGT > NC_002947/5119501‑5119796 | gATTGCGCGCAAGGCAGCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGATGGAGATATTTTCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTaa > 1:1356508/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGCAAGGCAGCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGCATCGAGAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAAc < 1:663273/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTAGCGGGTcaacccgctcctac > 1:740517‑M1/1‑136 (MQ=255) ggCAGCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCATTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 1:1333608/1‑150 (MQ=255) cAGCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAg < 2:317812/150‑1 (MQ=255) gCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAggg > 2:1391726/1‑150 (MQ=255) gCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAggg > 1:71850/1‑150 (MQ=255) gAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGAt < 2:1546992/150‑1 (MQ=255) gAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGAt > 1:512663/1‑150 (MQ=255) gcgcCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGAtgt < 2:2151926/150‑1 (MQ=255) ccATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGa > 1:1908886/1‑150 (MQ=255) cATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGAt < 2:1884147/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACCGGGTGGGTTTGAGGCGAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGGGCGGCAGGCCGTTGATGGGGTGCACAGGCGCCAGGGCGCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCTGCAGgggatggggatg > 2:494773/1‑150 (MQ=255) ggTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAGACCCGCTCCTACAGGGGACGCGGATGCtgtt > 2:2385001/1‑150 (MQ=255) ccTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAgg > 1:1899526/1‑150 (MQ=255) gATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGc < 1:1695165/150‑1 (MQ=255) tGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacaacagcatccacatcccctgtaggagcgggtt > 1:1172301‑M1/1‑104 (MQ=255) tGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCtg < 2:386100/135‑1 (MQ=255) gagaATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCa < 1:1950457‑M2/150‑2 (MQ=255) agaATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCac < 1:1190026‑M2/150‑3 (MQ=255) agaATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTAGTGCGGGCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCac > 2:2411140‑M2/1‑148 (MQ=255) agaATCATCCACAGGGTGGGTATGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCac > 1:2372401‑M2/1‑148 (MQ=255) tcatcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgc < 1:2356762‑M2/150‑7 (MQ=255) atcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcga < 1:269574‑M2/150‑9 (MQ=255) atcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGATGTTGTGGGAGCGGGTTCacccgcga < 2:1761561‑M2/150‑9 (MQ=255) atcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGAATGTGTAGTAGCGGGTTCacccgcga < 2:553796‑M2/150‑9 (MQ=255) tcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 2:1908886‑M2/1‑141 (MQ=255) tcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa < 1:1026855‑M2/150‑10 (MQ=255) tcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 2:1905292‑M2/1‑141 (MQ=255) ccACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGc < 2:2404099/134‑1 (MQ=255) cacaGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaaga < 1:2048192‑M2/150‑12 (MQ=255) cacaGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaaga > 1:1390612‑M2/1‑139 (MQ=255) acaGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGACAAAACCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagag < 2:1250733‑M2/150‑13 (MQ=255) gggtgggtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggcc < 2:1397320‑M2/150‑16 (MQ=255) ggtgggtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 1:1642857/150‑1 (MQ=255) gggtTTGTGGGCAGGTTGCAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCACTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAt < 1:760283/150‑1 (MQ=39) gtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg > 1:324976/1‑145 (MQ=255) tttGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGcc < 2:2048192/150‑1 (MQ=255) 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aaaGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCa > 2:846924/1‑150 (MQ=255) aaaGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGCATCAGGCCTCAAGAGGCCGG‑CGCCGCGCATTCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCa < 1:1486140/150‑1 (MQ=37) aaGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCAGGGGAGGTGGATGCTATGCGATGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAg < 1:25234/150‑1 (MQ=255) aaGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAg < 1:2346527/150‑1 (MQ=255) aGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccacc < 2:1172301‑M2/150‑88 (MQ=255) 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tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCAc < 2:1311004/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCa > 2:242699/1‑146 (MQ=255) tctGCGCGGGTAATCCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCAc < 2:900320/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTgaacccgctcctacaacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccaccctgtgga < 1:1026855‑M1/150‑142 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCa < 2:327203/104‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCg > 1:1510861/1‑150 (MQ=255) gggTgaacccgctcctacaacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccaccctgtggatgatt < 2:89386‑M1/150‑147 (MQ=255) ggTgaacccgctcctacaacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaag > 1:2420767‑M1/1‑3 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGcc > 1:2110798/1‑131 (MQ=255) gTAGACCCGCTCCGACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTCCACCCCCAACGAGACCGGCTGCCCTG‑ATGCATGAATCGACTCAAGGCCATGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGt < 2:269574/150‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCa < 1:2423997/127‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGt < 1:2079200/150‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGATGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGt > 1:2287692/1‑150 (MQ=255) | GATTGCGCGCAAGGCAGCGGAGCGCCATGGCGGTAGCCTGATGCTGGAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGT > NC_002947/5119501‑5119796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |