| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | = 5506637 | 31 (0.330) | 24 (0.330) | 11/192 | NT | 46.7% | intergenic (+48/‑151) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
| ? | NC_002947 | = 5506650 | 31 (0.430) | intergenic (+61/‑138) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAGC > NC_002947/5506490‑5506785 | gctggGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGa < 2:818541/150‑1 (MQ=255)gcggggggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGa < 1:250273/147‑1 (MQ=255) ggggggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGATGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACNAgg < 2:1497568/149‑1 (MQ=255) ggggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGa < 1:2259268/150‑1 (MQ=255) ggggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGa < 2:1988313/150‑1 (MQ=255) gTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtc > 2:2082932‑M1/1‑141 (MQ=255) gATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGCGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACcgcg > 1:1617947/1‑150 (MQ=255) aTGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGGTGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccct > 2:1858124‑M1/1‑138 (MQ=255) tCCTGCTGGTGTGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgta > 1:1601136‑M2/1‑147 (MQ=255) cccGCTGGGGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtag > 2:758014‑M2/1‑146 (MQ=255) ccGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtagg < 1:657569‑M2/150‑6 (MQ=255) gCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGCTGCTGAGGCTTCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggag < 1:2380571‑M1/150‑21 (MQ=255) cTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagc > 1:1406271‑M2/1‑142 (MQ=255) tggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcg < 1:1772513‑M1/150‑23 (MQ=255) tggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcg < 1:1772436‑M1/150‑23 (MQ=255) tggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcg > 2:657569‑M2/1‑141 (MQ=255) ggtggtggtGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 1:400466‑M1/150‑24 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGTTGGTGACTTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 1:2400176‑M1/150‑24 (MQ=255) 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gtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGATGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg < 1:2091038‑M1/150‑25 (MQ=255) tggGGGTGTCGATGGTTGTGATGCGGTGGCTGGATAGTTTGGTGGTGAGCCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggt < 1:276770‑M1/150‑26 (MQ=255) ggggTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggttt < 2:1149325‑M1/150‑28 (MQ=255) ggggTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGAGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggttt < 1:1592615‑M1/150‑28 (MQ=255) gtgtCGATGTGTGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGTCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacc < 1:1166760‑M1/150‑31 (MQ=255) gtgtCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacc < 2:93391‑M1/150‑31 (MQ=255) tgtCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttaccc > 2:1860400‑M2/1‑132 (MQ=255) tgtCGATGGTGGTGAGGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttaccc > 2:491906‑M2/1‑132 (MQ=255) aTGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaa > 1:1930219‑M2/1‑127 (MQ=255) tggtggTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaag > 1:48963‑M2/1‑126 (MQ=255) gtggtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagag > 1:1667675‑M2/1‑124 (MQ=255) tggtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgg > 1:1547983‑M2/1‑123 (MQ=255) ggtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacctgcgaagaggc > 1:1764231‑M2/1‑122 (MQ=255) gtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAg < 2:2216574/111‑1 (MQ=255) tgtgGGGGGCGGATAGTTTGGTGGGGAGGCGCCGCCGCGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTGTGCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGTa < 2:359509/150‑1 (MQ=38) tttGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg > 2:737726‑M1/1‑88 (MQ=255) 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ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccaagtcaccaacatcgacacccccacc < 1:2400176‑M2/150‑128 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaa > 2:737726‑M2/1‑23 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgccgcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacc < 2:1246388‑M2/150‑128 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcca > 1:1406121‑M2/1‑23 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCg > 1:1011086/1‑132 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCg < 2:1011086/132‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACaagaag > 2:471799/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacca > 2:657569‑M1/1‑9 (MQ=255) cGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacca < 1:1772513‑M2/150‑129 (MQ=255) cGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAagaaga > 1:1493710/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccag > 1:1406271‑M1/1‑8 (MQ=255) gCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCGTGTCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGAc > 1:1105766/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGAc > 2:1674706/1‑150 (MQ=255) tCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTg < 2:1813681/150‑1 (MQ=255) ccTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgg < 1:657569‑M1/150‑146 (MQ=255) cTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccatccaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgag > 1:1453154‑M1/1‑4 (MQ=255) cTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacaccccccccagcggg > 2:758014‑M1/1‑4 (MQ=255) tACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccacaccagcagga > 1:1601136‑M1/1‑3 (MQ=255) tACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAg > 1:2118663/1‑150 (MQ=255) aCGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAGc < 1:471799/150‑1 (MQ=255) | GCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAGC > NC_002947/5506490‑5506785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |