| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 6002417 | 109 (1.170) | 8 (0.100) | 7/218 | NT | 7.7% | intergenic (‑61/+85) | amaA/amaB | L‑pipecolate oxidase/L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase |
| ? | NC_002947 | = 6002437 | 96 (1.180) | intergenic (‑81/+65) | amaA/amaB | L‑pipecolate oxidase/L‑piperidine‑6‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
TCACCGGCCAGGGCCTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGGTGTTGGTCTGGC > NC_002947/6002268‑6002566 | aCCGGCCAGGGCCTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGt > 2:2445365/1‑150 (MQ=255) ccGGCCAGGGCCTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTc < 1:1512218/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGGCCTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCgg < 2:1118247/150‑1 (MQ=255) aaggctacatgcgtcgccagaccaacaccgtgaactactcgcgcgagctgccgctggcgcagggtatcgtgttcgactgatgtattgatgctgcatggccgggggcctggcccccggttcgcgggtagACCCGCTCCTACAGGGGTCGgt < 1:1801418‑M1/22‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACCTGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCGTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCtt < 2:1462176/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTTTCGCtt < 1:2360249/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCtt < 2:358020/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCCGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCtt < 1:103356/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGttcgtccaagcgaca > 2:1381712‑M1/1‑135 (MQ=255) agaccaacaccgtgaactactcgcgcgagctgccgctggcgcagggtatcgtgttcgactgatgtattgatgctgcatggccgggggcctggcccccggttcgcgggtagACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCt > 2:1801418‑M1/111‑150 (MQ=255) ggtcggtTTGCTGACGTGTTCCCACAAGAATTCTTAACGCAGTTCGGATATAGCCCGCAGCAGCAATTTGTTCGTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgt < 2:271958‑M2/150‑7 (MQ=255) gtcggtTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgta > 1:588091‑M2/1‑143 (MQ=255) gtTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGa > 2:2302527/1‑135 (MQ=255) gtTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggag < 2:320084‑M2/150‑12 (MQ=255) tttGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGttcgtccaagcgacaccgacccctgtaggagc < 1:463049‑M1/150‑33 (MQ=255) tGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcgg > 1:1010195‑M2/1‑136 (MQ=255) gtgaactactcgcgcgagctgccgctggcgcagggtatcgtgttcgactgatgtattgatgctgcatggccgggggcctggcccccggttcgcgggtagACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCgg < 1:2188368‑M1/50‑1 (MQ=255) gCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTTGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcggg > 1:490274‑M2/1‑135 (MQ=255) gCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcggg < 2:684654‑M2/150‑16 (MQ=255) gCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcggg > 2:688054‑M2/1‑135 (MQ=255) gCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcggg > 1:320084‑M2/1‑135 (MQ=255) tgaactactcgcgcgagctgccgctggcgcagggtatcgtgttcgactgatgtattgatgctgcatggccgggggcctggcccccggttcgcgggtagACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCgg > 2:891095‑M1/99‑148 (MQ=255) gACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCt > 2:2328331/1‑150 (MQ=255) tactcgcgcgagctgccgctggcgcagggtatcgtgttcgactgatgtattgatgctgcatggccgggggcctggcccccggttcgcgggtagACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGt < 2:119750‑M1/42‑1 (MQ=255) tgtTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCACAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTAccc < 2:1217943/150‑1 (MQ=255) ccACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGaa > 1:912063/1‑150 (MQ=255) ccACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGaa > 2:401842/1‑150 (MQ=255) cacaAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTc > 1:2325729/1‑111 (MQ=255) acaAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTCGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAAcc > 1:741795/1‑150 (MQ=255) acaAGCATTGTTGACGCAGTTCAGCCCTGGCCGGCTCCAGCACTTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAAcc > 1:2132214/1‑150 (MQ=255) aaGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCgg > 1:2117801/1‑150 (MQ=255) gttgttgACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGc > 2:1861121/2‑150 (MQ=255) aTTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTTCAGGGGCGGGGCTACCCGCGAACCGGGGGc > 2:779835/1‑150 (MQ=255) gttgACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCcg > 2:2050078/1‑135 (MQ=255) ttgACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCgggg > 2:1133741/1‑144 (MQ=255) ttgACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCgggg < 1:1133741/144‑1 (MQ=255) gACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTc > 2:617616/1‑92 (MQ=255) aCGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGccc > 2:815251/1‑150 (MQ=255) gCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGttcgtccaagcgacaccgacccc > 1:1506488‑M1/1‑86 (MQ=255) gCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcg < 1:561855‑M2/119‑14 (MQ=255) 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ccGCTCCTACAGGGttcgtccaagcgacaccgacccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaagaacaaattgctggagccggccatgtccgaactgcgtcaacaatgcttgtgggaacacgtcagca > 1:1010195‑M1/1‑14 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGttcgtccaagcgacaccgacccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaagaacaaattgctggagccggccatgtccgaactgcgtcaacaatgcttgtgggaacacgtcagca > 2:2239943‑M1/1‑14 (MQ=255) CCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACg < 2:1114667‑M1/150‑1 (MQ=255) GCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGgt < 1:1354558‑M1/150‑1 (MQ=255) cTACAGGGttcgtccaagcgacaccgacccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaagaacaaattgctggagccggccatgtccgaactgcgtcaacaatgcttgtgggaacacgtcagcaaaccga > 1:1430614‑M1/1‑8 (MQ=255) CTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGGTGTTg > 2:376464‑M1/1‑150 (MQ=255) tACAGGGttcgtccaagcgacaccgacccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaagaacaaattgctggagccggccatgtccgaactgcgtcaacaatgcttgtgggaacacgtcagcaaaccgac > 1:621682‑M1/1‑7 (MQ=255) tACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaa > 2:543108‑M2/1‑27 (MQ=255) tACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaa < 1:543108‑M2/78‑52 (MQ=255) TACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGGTGTTgg < 1:209058‑M1/150‑1 (MQ=255) gggttcgtccaagcgacaccgacccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaagaacaaattgctggagccggccatgtccggactgcgtcaacaatgcttgtgggaacacgtcagcaaaccgaccgtc < 2:764606‑M1/150‑148 (MQ=255) ggggTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaagaacaaattgctggagccggccatgtccgaactgcgtcaacaatgcttgtgggaacacgtcagcaaaccgaccgtc < 1:1381712‑M2/150‑128 (MQ=255) ggggTCGGTGTCGCTTGGACGAAccctgtaggagcgggtttacccgcgaaagggccgccctgcggccccaacaagaacaaattgctggagccggccatgtccgaactgc < 2:1506488‑M2/109‑87 (MQ=255) GGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGGTGTTGGTCTg > 1:170868‑M1/1‑150 (MQ=255) GGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGGTGTTGGTCTgg > 2:868097‑M1/1‑150 (MQ=255) GGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGGTGTTGGTCTGGc > 2:481901‑M1/1‑150 (MQ=255) GGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGGTGTTGGTCTGGc > 2:1734856‑M1/1‑150 (MQ=255) | TCACCGGCCAGGGCCTGGGCGGCGACGGTCGGTTTGCTGACGTGTTCCCACAAGCATTGTTGACGCAGTTCGGACATGGCCGGCTCCAGCAATTTGTTCTTGTTGGGGCCGCAGGGCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTCGGTGTCGCTTGGACGAACCCTGTAGGAGCGGGTCTACCCGCGAACCGGGGGCCAGGCCCCCGGCCATGCAGCATCAATACATCAGTCGAACACGATACCCTGCGCCAGCGGCAGCTCGCGCGAGTAGTTCACGGTGTTGGTCTGGC > NC_002947/6002268‑6002566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |