New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | = 6019326 | 70 (0.750) | 5 (0.070) | 3/204 | NT | 7.2% | intergenic (‑71/+74) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
? | NC_002947 | = 6019356 | 72 (0.950) | intergenic (‑101/+44) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGG > NC_002947/6019178‑6019475 | ggCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGATTGCCCGCTCCCACAGGt < 2:273584/150‑1 (MQ=255) ggCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCGTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGt < 1:440343/150‑1 (MQ=255) aCCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGTCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGt < 2:1109993/150‑1 (MQ=255) cccGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTg < 2:379258/150‑1 (MQ=255) cccGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTg < 2:2046883/150‑1 (MQ=255) ccGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGc > 2:35780/1‑150 (MQ=255) aGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGc < 2:2280801/150‑1 (MQ=255) ttCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCANGGCCTGGAGGTCGANCAGNGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAAATGAGAGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCtt > 1:146740/1‑150 (MQ=255) aCGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGGACAACTTTCa > 1:1512354/1‑150 (MQ=255) aCGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCa > 2:1435288/1‑150 (MQ=255) gggCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCaaa > 2:892727/1‑150 (MQ=255) ggCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGAGGGCGGGGCGCATAGCGGGTGCCTTATGGGGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCaaaa < 2:77780/150‑1 (MQ=255) gCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAg < 1:489241/150‑1 (MQ=255) ccAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGc > 2:1621380/1‑150 (MQ=255) aCGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTTCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCggtg < 1:2433709/150‑1 (MQ=255) aCGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCggtg < 1:892727/150‑1 (MQ=255) aCGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTCATTTACGATTCCCTGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCggtg < 2:1797426/150‑1 (MQ=255) gTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGgtggtg > 1:509513/1‑150 (MQ=255) 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gAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCaa > 2:487457/1‑118 (MQ=255) gAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagc > 1:1568925‑M2/1‑131 (MQ=255) gTCGATCAGGGCGCGGGTGGGGCGGATAGCGGCTGGCTTAGGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTGCAAAAGCGGTGGTGTTgctgtgggagcgggcatgcccg > 2:725915‑M2/1‑128 (MQ=255) gATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGAAGTAGCGTGTTGAAATCGGGGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGAGAGCGGGCAAGCCCGCaa > 2:1264404/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCTGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATg < 1:1984358/150‑1 (MQ=255) gggcgggACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgg > 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(MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccagg < 2:1875001‑M1/150‑136 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggca < 1:1772327‑M1/109‑96 (MQ=255) ccGCTCCCACCGGACGTGCACCGGCATCAAACAAAATGGTGTGCATCTGGGAGCGGACGGGCGCACAAATTGGCCGCCAGCGGGTATTACTGCTGGTGAGCCAGCGCGCGTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg > 2:867261/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgaccgacctccaggcc > 2:548703‑M1/1‑13 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacttccaggcc < 2:140570‑M2/150‑108 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggcc < 2:379052‑M2/150‑108 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgccc < 1:331533‑M2/127‑85 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg < 1:617939/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg < 1:996892/150‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTgg < 2:34421/92‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTgg > 1:34421/1‑92 (MQ=255) tCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGgaga > 1:114924/1‑150 (MQ=255) cccACAGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcg < 2:617939‑M1/150‑143 (MQ=255) ccACAGGaacaccaccgcttttgacagcggagcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgc > 1:437325‑M1/1‑7 (MQ=255) ccACAGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgc > 1:1438395‑M1/1‑7 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGata > 1:937610/1‑150 (MQ=255) cacaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgcc > 2:1776851‑M1/1‑6 (MQ=255) cacaGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGatat > 2:2121857/1‑150 (MQ=255) acaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgcca > 1:395788‑M1/1‑5 (MQ=255) acaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgcca > 1:1707518‑M1/1‑5 (MQ=255) acaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaac < 1:1088629‑M1/88‑84 (MQ=255) acaGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTa > 2:1548246/1‑81 (MQ=255) gTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGc < 1:1041613/89‑1 (MQ=255) gTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGc > 2:1041613/1‑89 (MQ=255) gTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAgg > 2:422532/1‑150 (MQ=255) | GGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGG > NC_002947/6019178‑6019475 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |