| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | NC_002947 | 6,098,315 | Δ9 bp | 78.4% | coding (822‑830/867 nt) | PP_5350 ← | RpiR family transcriptional regulator |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | 6098324 = | 29 (0.310) | 95 (1.120) | 67/228 | NT | 78.4% | coding (821/867 nt) | PP_5350 | RpiR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 6098314 | 26 (0.310) | coding (831/867 nt) | PP_5350 | RpiR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CGCGGGCTTGCCCCGTTCACACAGGAATTGCACCGATTTATAGAAGTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATC > NC_002947/6098177‑6098473 | cggcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGc < 2:666467‑M1/3‑1 (MQ=255)cggcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaaagccatcttcgacgtttaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGc < 2:1882560‑M1/3‑1 (MQ=255) gcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCaa > 2:95051‑M1/146‑150 (MQ=255) 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cgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGc > 1:1941699‑M1/106‑150 (MQ=255) cgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGc > 1:1941590‑M1/106‑150 (MQ=255) gTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGCGCCGTCTAGGcaga > 2:1356447/1‑147 (MQ=39) agaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCTCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCgcg‑cgc < 2:344806‑M1/53‑1 (MQ=255) gaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAggtg > 1:1498191‑M1/97‑125 (MQ=255) aagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCa > 2:903838‑M1/96‑150 (MQ=255) acagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCaa < 1:2435930‑M1/61‑1 (MQ=255) ctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCAt < 2:1556402‑M1/68‑1 (MQ=255) gagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAg > 2:1618887‑M1/77‑150 (MQ=255) ggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCC‑CCCTATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGt > 1:1882560‑M1/72‑150 (MQ=255) 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ttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCg > 2:1980662‑M1/22‑150 (MQ=255) ttGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCg < 1:445849/150‑1 (MQ=255) tgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCgg < 2:1579030‑M1/130‑1 (MQ=255) gggCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGgt < 1:1325621/150‑1 (MQ=255) gatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGTGGTGTAGATCTCGgt > 2:2435930‑M1/20‑150 (MQ=255) gatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGgt > 2:2011312‑M1/20‑150 (MQ=255) atcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGgtg > 1:928317‑M1/19‑150 (MQ=255) cgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTc < 2:2109710‑M1/134‑1 (MQ=255) cttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATAcgc < 1:527413‑M1/105‑1 (MQ=255) gACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCGGCGAAGATAACG‑ATCTCGCATGGCCAGCACGTCGATCCCAAACAGGTGGGTAACCCGCGATGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCAt < 1:1751060/150‑1 (MQ=255) aCGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAg > 1:2019804/1‑118 (MQ=255) gctgcgcaagctgcgTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTc > 2:1724498/1‑150 (MQ=255) cagaCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTc > 1:1508055‑M1/5‑150 (MQ=255) CGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATc > 1:537335‑M1/1‑150 (MQ=255) | CGCGGGCTTGCCCCGTTCACACAGGAATTGCACCGATTTATAGAAGTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACG‑CTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCG‑CGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGATC > NC_002947/6098177‑6098473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |