New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 359665 | 101 (1.080) | 21 (0.240) | 12/234 | NT | 19.6% | intergenic (+22/+98) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 359732 | 78 (0.890) | intergenic (+89/+31) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
CCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCCCCTTCAGC > NC_002947/359584‑359880 | aTGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTGGGCCTTTGCCAGGGTAGGGCTCTGACACGGCGCCGGCCTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgc < 1:1750239‑M2/150‑5 (MQ=255) aTGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGCTCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgc < 1:347054‑M2/150‑5 (MQ=255) cggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaag > 1:1667753‑M2/1‑142 (MQ=255) caactgttgccagcgttggcgcagttcaacaaacgcgcgtaatccatttacccaggaccggccccttcgcgggcacgcccgctCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGaa > 1:2341981‑M1/84‑146 (MQ=255) ccTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGc < 2:1055899/150‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGGCCCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGcc < 1:1564374/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTcc > 2:1072788/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCt < 1:1932690/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg < 1:1127353/150‑1 (MQ=255) cagcgttggcgcagttcaacaaacgcgcgtaatccatttacccaggaccggcctcttcgcgggcacgcccgctCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg > 1:2088021‑M1/74‑150 (MQ=255) gcgcAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTa > 1:1272158/1‑150 (MQ=255) tGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCCGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCGGTTTTCCCGCGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGa < 1:2254985/150‑1 (MQ=38) gTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCCCCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTa < 2:1074354/150‑1 (MQ=255) cGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcg < 1:2438181/150‑1 (MQ=255) gACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcgc > 2:411399/1‑150 (MQ=255) tGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGTGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGttt < 1:852782/150‑1 (MQ=255) aGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgttg < 1:27985/150‑1 (MQ=255) tgtAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAAt < 2:55837/129‑1 (MQ=255) tgtAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAAt > 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gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGtt > 1:193352/1‑150 (MQ=255) cccttcgcggaacaagcccgcccccacagatcaccgctggctcaagctcagcgggtgacctgtgggAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGc > 1:275264‑M2/67‑150 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTg > 1:891487/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgttg < 1:2336987/123‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgttg > 2:2336987/1‑123 (MQ=255) ttcgcggaacaagcccgcccccacagatcaccgctggctcaagctcagcgggtgacctgtgggAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTg < 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cgctggctcaagctcagcgggtgatctgtgggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcg > 2:810208‑M2/33‑79 (MQ=255) cgctggctcaagctcagcgggtgatctgtgggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAtc > 2:2063863‑M2/33‑150 (MQ=255) ccGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCt > 1:667609/1‑130 (MQ=255) ccGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCt < 2:667609/130‑1 (MQ=255) ccGCTGAGCTTGAGCCAGCGGGGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGGGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTGGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGCTGGCCTGGCGTACTGCCGGGAGGAtc > 2:1033908/1‑150 (MQ=255) cGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTgg < 1:1980509/106‑1 (MQ=255) 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gCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCgg < 1:248840/150‑1 (MQ=255) ccAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgt < 1:399400/74‑1 (MQ=255) gTGGTCTGTGGGGTCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACAt < 1:1604017/150‑1 (MQ=255) gATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCt < 2:360419/150‑1 (MQ=255) tgtgggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGTCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTc < 1:787474‑M2/144‑1 (MQ=255) gggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTccac < 1:1161166‑M2/147‑1 (MQ=255) gggggTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTGGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATcc < 2:347054/149‑1 (MQ=255) tGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCCCCTTCa < 1:411399/150‑1 (MQ=255) ttCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGa < 2:2109932/82‑1 (MQ=255) ttCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGa > 1:2109932/1‑82 (MQ=255) ttCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCCCCTTCAgc > 1:1655392/1‑150 (MQ=255) | CCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCCCCTTCAGC > NC_002947/359584‑359880 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |