New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3383608 | 62 (0.660) | 10 (0.110) | 9/250 | NT | 8.9% | coding (501/546 nt) | PP_2985 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 6172325 | 143 (1.530) | coding (33/1836 nt) | glmS | L‑glutamine/D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
AGCAACAGCAACCTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAGGGTGTGCACACTGCCCCA > NC_002947/6172178‑6172474 | agcaacagcaacCTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGGACTTACATGGAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACg > 2:2300240/1‑150 (MQ=255) gcaacagcaacCTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTAggg > 1:622804‑M2/1‑147 (MQ=255) cagcaacCTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCgg < 1:161938/150‑1 (MQ=255) caacCTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGa > 2:452462/1‑150 (MQ=255) acCTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTGCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTTAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACa < 2:1597244/150‑1 (MQ=255) ccTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGAc < 1:1944893/148‑1 (MQ=255) ccTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGAc > 2:1944893/1‑148 (MQ=255) cTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGc > 2:696820/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCAc < 2:1587901/150‑1 (MQ=255) gCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCaa < 1:867513/150‑1 (MQ=255) tCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTACTGAACGCCAGTCACGA‑‑TTGGAGATCTGGTGTGCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACg > 1:280685/1‑150 (MQ=255) cGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGa < 2:790207/150‑1 (MQ=255) cTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGGACAGCCAAACCGACGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACGGCACCAACGAtt > 2:1328201/1‑150 (MQ=255) tGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTc > 1:1513377/1‑150 (MQ=255) ccTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TTTATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCcac < 2:1795510/150‑1 (MQ=255) gATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGtt < 1:436817/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGttt < 2:447396/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGttt > 1:935489/1‑150 (MQ=255) 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aCCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCgcggc > 1:2293316/1‑150 (MQ=255) aCCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATGCCACACATGTTTTATTGCCCCTGGCTGAGCgcggc > 2:123286/1‑150 (MQ=255) gTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCa < 1:777073/150‑1 (MQ=255) gggTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAGGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGATGATCGCGGCGCAGATCa > 1:798693/1‑150 (MQ=255) gggTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGAt < 2:1246364/148‑1 (MQ=255) 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aaCCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGa < 2:361659/132‑1 (MQ=255) aaCCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCggg < 1:963830/150‑1 (MQ=255) aaCCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCggg < 1:1480923/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCt > 2:368221/1‑150 (MQ=255) cGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTgg < 1:1121773/113‑1 (MQ=255) gcgcTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCgg > 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1:1407780/1‑150 (MQ=255) aTCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGtaata > 2:297324/1‑150 (MQ=255) tCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTgg > 1:471556/1‑130 (MQ=255) tCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTgg < 2:471556/130‑1 (MQ=255) tCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATc < 2:1770029/142‑1 (MQ=255) tCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGtaataa > 2:961689/1‑150 (MQ=255) aGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAgg < 2:1760562/150‑1 (MQ=255) ggATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAggg > 2:567658/1‑150 (MQ=255) aTGGCTGTGATATTAggggtcatgccgagataaggcaaagtggaggacattcgttctctaagctattgtatttaaacgagtagattagaagccctgctcagcaaagactgcttcgcgcccaatcgcttcagccatccattgaggaaggtt > 1:392111‑M2/1‑15 (MQ=255) tgtgATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAGGGTGTGcac > 1:1550683/1‑150 (MQ=255) tgtgATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAGGGTGTGcac > 1:137175/1‑150 (MQ=255) gtgATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTgg > 2:1682852/1‑57 (MQ=255) gtgATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTgg < 1:1682852/57‑1 (MQ=255) tatTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAGGGTGTGCACACTGc < 2:493799/150‑1 (MQ=255) ttACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAgg < 1:2161291/117‑1 (MQ=255) tAggggtcatgccgagataaggcaaaaattaggacattcgttctctaagctattgtatttaaacgagtagattagaagccctgctcagcaaagactgcttcgcgcccaatcgcttcagccatccattgaggaaggtttgatctatgcgat > 1:267421‑M2/1‑2 (MQ=255) tACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCgctgc < 2:312084/106‑1 (MQ=255) tACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCgctgc > 1:312084/1‑106 (MQ=255) aCGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCATATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAGGGTGTGCACACTGCCCCa < 2:322816/150‑1 (MQ=255) aCGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAg > 1:1941026/1‑114 (MQ=255) aCGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAg < 2:1941026/114‑1 (MQ=255) aCGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAGGGTGTGCACACTGCCCCa > 1:368489/1‑150 (MQ=255) | AGCAACAGCAACCTCCAGCTCGCTGACCTTGCCGATGCGGCGGCGGCGCTGCAGTTCACCGTTCTGGGTGAGTACAGCCAAACCGGCGCTGTCGTA‑ACCGCGGTATTCAAGACGCTTAAGGCCT‑TCGATCAGGATGGCTGTGATATTACGCTCGGCGACAGCACCAACGATTCCACACATGTTTTATTGCTCCTGGCTGATCGCGGCGCAGATCAGGTTGATGCCGCGGGCTTGAATTTGTTCGCGCGCTGCTGCTGGCAGGCGTTCATCTGTAATAAGGGTGTGCACACTGCCCCA > NC_002947/6172178‑6172474 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |