| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,977 | C→T | 5.5% | intergenic (‑596/+35) | trmF ← / ← trmE | tRNA uridine 5‑carboxymethylaminomethyl modification protein/GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,977 | 0 | C | T | 5.5% | 487.1 / 10.5 | 160 | intergenic (‑596/+35) | trmF/trmE | tRNA uridine 5‑carboxymethylaminomethyl modification protein/GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (84/67); new base T (4/5); total (88/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CGGTCGAGCCCGCGAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAGTCCTCAGCCAGAAGC > NC_002947/4829‑5126 | cGGTCGAGCCCGCGAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCt < 1:1291270/150‑1 (MQ=255) cccGCGAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAgcg < 2:2074230/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGC‑AAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAgcggc > 2:528587/1‑150 (MQ=255) gcgAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCt > 1:1466657/1‑139 (MQ=255) gcgAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCt < 2:1466657/139‑1 (MQ=255) gcgAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAgcggcg > 2:139427/1‑150 (MQ=255) cgAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCTTAGGGAgcggctt < 1:822347/150‑3 (MQ=255) ggATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAACAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGc > 2:1032116/1‑150 (MQ=255) 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cATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTgg < 1:2313895/150‑1 (MQ=255) aTCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGc < 1:1619562/150‑1 (MQ=255) aTCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTAATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGc > 1:919454/1‑150 (MQ=255) tctgagaTCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCtgtg < 1:1720636/147‑1 (MQ=255) acaGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCTTAGGGAgcggctttttt > 1:153540/1‑129 (MQ=255) 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ttGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTGATCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATg < 1:1330193/150‑1 (MQ=255) tGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGc < 2:493463/150‑1 (MQ=255) gTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGCAACGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCa > 1:512781/1‑150 (MQ=255) agagCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAgcg > 1:559879/1‑107 (MQ=255) agagCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAgcg < 2:559879/107‑1 (MQ=255) cTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCAGTGGCACACAGGCCGATGCAGATGccg > 2:1959855/1‑148 (MQ=255) 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gCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGt > 2:1657588/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaa‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAg > 2:261348/1‑93 (MQ=255) aaaaaaaa‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAg < 1:261348/93‑1 (MQ=255) aaaaaaaa‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTaa > 1:517897/1‑150 (MQ=255) aaaaaa‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAgg > 1:2180660/1‑149 (MQ=255) caagcgCCGCTCCTTAGGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAGTc > 2:1722094/6‑150 (MQ=255) aaa‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAGTCCt > 1:1448260/1‑150 (MQ=255) cGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAGTCCTCAGcc > 1:2219710/1‑150 (MQ=255) cTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTcc < 2:992274/112‑1 (MQ=255) cccTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAGTCCTCAGCCAGaa < 1:1313439/150‑1 (MQ=255) ccTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAGTCCTCAGCCAGAAg < 1:1086603/150‑1 (MQ=255) cTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAGTCCTCAGCCAGAAGc > 1:402731/1‑150 (MQ=255) | CGGTCGAGCCCGCGAAAGGATGGGTACATCCACAGAGATCTGGTGCTTGTAAGAGCTTCATCACGGGTCCACCCGCTCCCACAGGTGCTTGGGTCAGCGGCCTGCATTCATCTTCTGCAACGAATTTCAGGCAAAAAAAA‑GCCGCTCCCTAAGGAGCGGCGCTTGGCCTTGCGTGGCTGTGGATTACTTGCCGATGCAGAAGCTGGAGAAAATCCGCCCAAGCAGGTCATCCGAGCTGAATGCTCCTGTGATCTCCCCCAGCGCATGCTGTGCCTGGCGTAAGTCCTCAGCCAGAAGC > NC_002947/4829‑5126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |