| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,403,948 | A→T | 5.3% | D108V (GAC→GTC) | PP_3014 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,403,948 | 0 | A | T | 5.3% | 266.9 / 3.0 | 87 | D108V (GAC→GTC) | PP_3014 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/41); new base T (2/3); total (42/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCTTGTTCAAATGTTCGCACTTCACCTGCGCCTCCATTCGGCTCGGATAGCT > NC_002947/3403806‑3404096 | ccACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTa > 1:1493820/1‑150 (MQ=255)ccACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTa < 1:711902/150‑1 (MQ=255) cacaGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑c < 1:2223434/150‑1 (MQ=255) aGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGcc > 2:1671242/1‑150 (MQ=255) ggCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCa < 2:1733817/150‑1 (MQ=255) gCCACGCAGACGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAg > 2:1165903/1‑150 (MQ=255) gCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAg < 2:1962896/150‑1 (MQ=255) gCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAg < 1:1839850/150‑1 (MQ=255) ccACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAgg > 1:1009194/1‑150 (MQ=255) gCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑TGCCAGGCTGt > 1:366502/1‑150 (MQ=255) aGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCa > 1:97629/1‑150 (MQ=255) aGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGGGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAATTTA‑CGCCACGCTGTCa > 2:1225022/1‑150 (MQ=255) gAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAg > 1:196863/1‑150 (MQ=255) gATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATg > 1:18070/1‑150 (MQ=255) aTAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGc > 2:886078/1‑150 (MQ=255) tAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGcc < 2:97629/150‑1 (MQ=255) aGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCt < 2:1215021/150‑1 (MQ=255) gCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTg < 1:1735473/150‑1 (MQ=255) ccACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGa < 1:1441569/150‑1 (MQ=255) aCGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGa < 1:2201910/115‑1 (MQ=255) aCGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGa > 2:2201910/1‑115 (MQ=255) ggCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGa < 1:984304/150‑1 (MQ=255) ggCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGa < 1:984327/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCa < 2:1928586/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCa < 1:1165903/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAg < 1:1866799/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAg < 1:2080247/150‑1 (MQ=255) cGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCCTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGt < 2:1261496/150‑1 (MQ=255) tCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGAcc > 1:215292/1‑150 (MQ=255) 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tgtgCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCa < 1:1032967/150‑1 (MQ=255) cTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTtgt < 1:94470/127‑1 (MQ=255) cTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTtgt > 2:94470/1‑127 (MQ=255) cTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTa > 2:1221696/1‑150 (MQ=255) tGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTAcc < 1:151466/150‑1 (MQ=255) tgtgGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCa > 2:1410796/1‑75 (MQ=255) tgtgGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCa < 1:1410796/75‑1 (MQ=255) gtgGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCaa < 1:609910/150‑1 (MQ=255) gTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTATAAGGTCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGGTATGCTGTCAGGCTACTCCTGGATTGAATTAGTTACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGACTGCTGCGACTCCAACTc > 1:1355711/1‑150 (MQ=255) gACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATc > 2:1874085/1‑150 (MQ=255) aCGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCTACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATcc > 1:2295222/1‑150 (MQ=255) tCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCt > 2:2283424/1‑150 (MQ=255) cACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCtt < 2:1493820/150‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCTCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCTTGtt > 2:1924849/1‑150 (MQ=255) gCAGCCGCGCGAGCTTTTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGACTCGGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGACGAGGCCGCCTGCAGTTACCCCTTCGCAGCCCGTTTGTTCaaa < 2:2449883/150‑1 (MQ=255) cAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCTTGTTCAAAt < 2:215292/150‑1 (MQ=255) cgcgcgACCTTCTACAAGCGCAGCTTTCTCGCTGGCGCCCAGTTA‑AGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGACTCAATCAGTGCCCAGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCTTGTTCAAATGTTc < 1:624008/150‑1 (MQ=255) 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> 1:1000554‑M1/15‑78 (MQ=255) cattgcctgacagcCTGGCGT‑AACTTGTCGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGtt > 1:1000616‑M1/15‑78 (MQ=255) cattgcctgacagcCTGGCGT‑AACTTGTCGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGtt < 2:1000616‑M1/64‑1 (MQ=255) cattgcctgacagcCTGGCGT‑AACTTGTCGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGtt < 2:1000554‑M1/64‑1 (MQ=255) gCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCTTGTTCAAATGTTCGCACTTCACCTGCGCCTcc < 2:1630130/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCTTGTTCAAATGTTCGCACTTCACCTGCGCCTCCa > 1:941680/1‑150 (MQ=255) aGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCTTGTTCAAATGTTCGCACTTCACCTGCGCCTCCAt > 1:270474/1‑150 (MQ=255) cTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCTCCGATCGCCTGCa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |