| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,418,565 | T→C | 9.7% | intergenic (‑111/+48) | prtN ← / ← PP_3032 | transcriptional regulator PrtN/DNA‑binding protein Roi‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,418,565 | 0 | T | C | 9.7% | 223.3 / 11.4 | 82 | intergenic (‑111/+48) | prtN/PP_3032 | transcriptional regulator PrtN/DNA‑binding protein Roi‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/39); new base C (4/4); total (39/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
GTGCGGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGATTCGC > NC_002947/3418416‑3418713 | gtgcgGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGt > 1:2310652/1‑150 (MQ=255) ggcgGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGtt < 2:264528/149‑1 (MQ=255) gcgGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTg < 1:940940/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCAGGAGCGCAACGCTgcg > 1:2288695/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAACGCTGCGctcca < 1:549836/150‑2 (MQ=255) cAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCAGGAGCGCAACGCTGCGctccagga < 2:2288695/150‑5 (MQ=255) gcgcGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACgg > 1:1561503/1‑150 (MQ=255) ggcgATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGAGGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCATGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACggg < 2:809269/149‑1 (MQ=255) cgATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGATCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGtt < 2:626624/150‑1 (MQ=255) gATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGttt > 1:1393983/1‑150 (MQ=255) aTTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGtttt < 2:2013048/150‑1 (MQ=255) aTTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGtttt < 2:2070670/150‑1 (MQ=255) tttGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTg > 1:900765/1‑150 (MQ=255) tGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGaa < 2:1805051/150‑1 (MQ=255) aTTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACt < 1:559831/150‑1 (MQ=255) aTTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTCCGCTCCTCACGGGTTTTGAACt > 2:1197918/1‑150 (MQ=255) ttGGTATTGCTCCTCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCCCACTGCACGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTg < 2:334488/150‑1 (MQ=255) ttGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTg > 1:861953/1‑150 (MQ=255) tATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTggagg > 2:1563564/1‑150 (MQ=255) gCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGGACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCt > 1:1730703/1‑150 (MQ=255) cTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGCTGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGCGGATCTg > 2:722018/1‑150 (MQ=255) tcatcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTgga < 1:1640983/142‑1 (MQ=255) tcatcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTgga > 2:1640983/1‑142 (MQ=255) tcatcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTgg < 1:2164438/150‑1 (MQ=255) catcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTggg > 1:428199/1‑150 (MQ=255) tcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGAAACGT‑‑AAAGTCACTTTGAAAAGTGCTTGCGAATTTGTTCGCGCCATTCTTCAGGACCCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGcc > 1:44523/1‑150 (MQ=255) ttCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTAc > 2:2070373/1‑150 (MQ=255) cGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGTCGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTAcgg < 1:683690/150‑3 (MQ=255) ggCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGcc < 2:1445075/150‑1 (MQ=255) ctctCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTa < 2:2363810/150‑1 (MQ=255) cccTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCAc < 2:586801/108‑1 (MQ=255) cccTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCAc > 1:586801/1‑108 (MQ=255) ccTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTCAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCg > 2:1688815/1‑150 (MQ=255) tgGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCtt < 2:428199/150‑1 (MQ=255) tgGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCtt < 1:1563564/150‑1 (MQ=255) gCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGt < 2:1561503/150‑1 (MQ=255) tGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGCACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCtt < 2:1393983/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCggt < 2:900765/150‑1 (MQ=255) aTGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCGCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCggtg < 2:215308/150‑1 (MQ=255) 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ggAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCgt > 1:1627990/1‑150 (MQ=255) gAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCtt > 2:1295505/1‑76 (MQ=255) gAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCtt < 1:1295505/76‑1 (MQ=255) aGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCgtgt < 1:1478078/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCACGATGGGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTc > 1:2274268/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTCTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTc > 1:1024258/1‑150 (MQ=255) gcAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTc > 1:250135/1‑148 (MQ=255) gcAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTc < 2:250135/148‑1 (MQ=255) aGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTGGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGAtt > 2:1332845/1‑150 (MQ=255) gTTGCGTTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGATTCGc < 2:677837/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCTCCTAACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGATTCGc < 2:2274268/150‑1 (MQ=255) | GTGCGGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCG‑‑CAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGATTCGC > NC_002947/3418416‑3418713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |