| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,528,612 | T→A | 8.6% | L129Q (CTG→CAG) | dnaEB → | error‑prone DNA polymerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,528,612 | 0 | T | A | 8.6% | 351.1 / 18.8 | 116 | L129Q (CTG→CAG) | dnaEB | error‑prone DNA polymerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/45); new base A (6/4); total (67/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TGCGACGGGCCCAAGCTGGTGCTGCTGGTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCACTGGCGGCTG > NC_002947/3528464‑3528761 | tgCGACGGGCCCAAGCTGGTGCTGCTGGTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCctgctg < 1:1838053/150‑1 (MQ=255) gACGGGCCCAAGCTGGTGCTGCTGGTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGcc > 2:998777/1‑150 (MQ=255) aCGGGCCCAAGCTGGTGCTGCTGGTCGAAACCCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCGGCCACCCACAAGGCCAGCAGGcc < 1:355961/150‑1 (MQ=255) 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gCTGGTGCTGCTGGTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGc < 1:1809270/150‑1 (MQ=255) ccacttgTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGAc > 1:1263981/7‑150 (MQ=255) gctgGTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTA‑CACCCACGAGGCCTGCTGGCCGT‑GTGTGTGGCCGCTGACAg > 2:1839940/1‑150 (MQ=255) tgGTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTg < 1:1535925/150‑1 (MQ=255) ggTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTgg < 2:124515/150‑1 (MQ=255) 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cAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGGTTCGTGGCGACTTGCCTCCG‑CACCACCAAGGCTGGCTAGCCGG‑GTGGGAGGGGGCTGACGGTGGCGAGACTGGTACTGGCGCGTgg > 2:1084337/1‑150 (MQ=255) aGAACCTGTGCGCGCTGATCAGCCGTGCGCGGCGGGGGGCGGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGc < 2:792873/150‑1 (MQ=255) tgtgCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑gtgggtgg > 1:950026/1‑108 (MQ=255) tgtgCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCa < 2:976168/150‑1 (MQ=255) tgCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAgt < 2:2399636/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cacccacaAGGCCAGCAGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTg > 2:2002309/7‑150 (MQ=255) acccacaAGGCCAGCAGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGc > 1:2280392/6‑150 (MQ=255) acccacaAGGCCAGCAGGCCTT‑GGTGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGc > 1:2271711/6‑150 (MQ=255) accaccAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGc < 2:892471/150‑1 (MQ=255) ccaccaAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCg > 1:1180123/1‑150 (MQ=255) ccacaAGGCCAGCAGGCCTTGGTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCg > 1:537988/4‑150 (MQ=255) caccaAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGtggctg < 1:25744/96‑1 (MQ=255) caccaAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCTGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCgg < 2:1341624/150‑1 (MQ=255) caccaAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCgg > 1:1818818/1‑150 (MQ=255) accaAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAATGGTTGCggg > 1:1506163/1‑150 (MQ=255) ccaAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGc > 2:238840/1‑150 (MQ=255) ccaAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGc > 2:1435258/1‑150 (MQ=255) caAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCa > 2:2338444/1‑150 (MQ=255) aaGGCCAGCAGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCAc > 1:423176/1‑150 (MQ=255) aGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCACt > 2:262710/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCACTggc > 2:1785522/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCACTggcgg < 1:2057761/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCACTggcgg > 2:1290145/1‑150 (MQ=255) tgGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCACTGGCGGCTg > 2:1831384/1‑150 (MQ=255) | TGCGACGGGCCCAAGCTGGTGCTGCTGGTCGAAAACCTGACGGGTTACCAGAACCTGTGCGCGCTGATCACCCGTGCCCGGCGGCGGGCAGAGAAGGGGGCGTACCAGCTGTTTCGTGATGACTTGCTGCTG‑CACCACCAAGGCCTGCTGGCCTT‑GTGGGTGGCCGCTGACAGTGGCGATACTGCTACCGGCGCGTGGCTGCGCAGTGTGTTCGCTGAGCGCCTGTGGCTGGCCGTGCACCTGCATCGGGGCAGTGACGATGCCGTGCGCCTGCAACGGTTGCGGGCACTGGCGGCTG > NC_002947/3528464‑3528761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |