| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,659,951 | G→A | 9.1% | intergenic (‑43/+32) | PP_3223 ← / ← PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,659,951 | 0 | G | A | 9.1% | 274.8 / 11.6 | 98 | intergenic (‑43/+32) | PP_3223/PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/44); new base A (6/3); total (51/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AAGGCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGA > NC_002947/3659802‑3660098 | aaGGCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGAATGGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAg > 1:726160/1‑150 (MQ=255) ggCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCGTTCAATGGATGGGGCGCTCCTGTTCCGGCCAGtt > 2:1591050/1‑150 (MQ=255) ggCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGtt > 1:1748287/1‑150 (MQ=255) gATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGc > 2:2223212/1‑150 (MQ=255) tGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCg > 1:1756841/1‑150 (MQ=255) ttGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGa > 2:1944232/1‑150 (MQ=255) tGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGaa < 1:1016362/150‑1 (MQ=255) ggtggtggGGGTGTGGTCGGACGGGGAGAGCGCGGTGCGGCCCAGGGACGGGGCGCCGATAGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAg < 2:500641/148‑1 (MQ=255) gCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAg > 1:72308/1‑150 (MQ=255) gAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCACGCAGTGGGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCtt < 2:2133888/150‑1 (MQ=255) gAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCtt < 1:1504871/150‑1 (MQ=255) gAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAACAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAg > 1:244224/1‑143 (MQ=255) gAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAACAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAg < 2:244224/143‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCCGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGa < 1:1591050/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGa < 1:2223212/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCCCTTTATCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGa < 1:555265/150‑1 (MQ=255) tgttgtCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGag < 2:1748287/150‑1 (MQ=255) ggccggcGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTcc < 1:2152821/150‑1 (MQ=255) 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ctcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGc < 1:2401918/150‑1 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGGGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGCCTGCt > 1:1293916/1‑150 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGa < 2:129429/145‑1 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGa > 1:129429/1‑145 (MQ=255) ccTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGc < 2:2028619/148‑1 (MQ=255) ccTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGc > 1:2028619/1‑148 (MQ=255) ccTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCaa < 2:454764/78‑1 (MQ=255) ccTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCaa > 1:454764/1‑78 (MQ=255) cTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGa > 1:1457832/1‑72 (MQ=25) cTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAGAACCGCTTGGACTGCTCa > 1:2203539/1‑150 (MQ=255) ggCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGa > 2:313869/1‑102 (MQ=255) ggCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGa < 1:313869/102‑1 (MQ=255) gCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACGTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCtt > 2:437774/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTACCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCtt < 2:1756841/150‑1 (MQ=255) cAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGa > 1:1608509/1‑150 (MQ=255) | AAGGCGATGTTGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGGGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATGCACCTTGA > NC_002947/3659802‑3660098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |