| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,797,544 | A→T | 5.8% | C165S (TGC→AGC) | vdh ← | vanillin dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,797,544 | 0 | A | T | 5.8% | 365.8 / 10.3 | 122 | C165S (TGC→AGC) | vdh | vanillin dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/51); new base T (4/3); total (67/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CCGCTCGACGATGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTGG > NC_002947/3797395‑3797693 | ccGCTCGACGATGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCa < 1:1858571/150‑1 (MQ=255) cGCTCGACGATGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAg < 1:2207020/150‑1 (MQ=255) tCGACGATGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGcc > 1:1572411/1‑150 (MQ=255) 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aGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAgg < 1:1006806/150‑1 (MQ=255) gCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACAAAGCCGATGGGCGCGCGCGTGGCTCTGGGTATGCTTCCGGGAACGTCCGAgggg > 2:1204613/1‑150 (MQ=255) ccTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGa > 1:849856/1‑150 (MQ=255) ccTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACAGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGa < 2:380124/150‑1 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCaa > 1:150032/1‑81 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCaa < 2:150032/81‑1 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAgg < 2:1014524/95‑1 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAgg > 1:1014524/1‑95 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCAcc > 2:1895033/1‑150 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCAcc > 2:1175917/1‑150 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGAGTAACACTTCAcc > 2:662792/1‑150 (MQ=255) acGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGAATCTCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCg < 1:1204613/150‑1 (MQ=255) cGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCGCCGGGGCGTTCCGCGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGACCGAGCGGAGCACTTCACCgg > 2:1322222/1‑150 (MQ=255) gtgtTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTg < 1:2189057/150‑1 (MQ=255) ttGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATc > 1:1765598/1‑150 (MQ=255) atGC‑CGCTGGCCTGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATc > 2:779883/2‑150 (MQ=255) tGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCt < 1:1175917/150‑1 (MQ=255) cGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCGGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCg > 2:1279258/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCAtt > 2:528265/1‑101 (MQ=255) cGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCAtt < 1:528265/101‑1 (MQ=255) cGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCg > 1:2189264/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGt > 2:1561369/1‑150 (MQ=255) | CCGCTCGACGATGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTGG > NC_002947/3797395‑3797693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |