| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,893,530 | T→C | 6.6% | F284L (TTC→CTC) | rarD → | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,893,530 | 0 | T | C | 6.6% | 311.7 / 8.2 | 105 | F284L (TTC→CTC) | rarD | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/53); new base C (2/5); total (47/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TGCCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATCACC > NC_002947/3893381‑3893678 | tgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGTGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCt > 1:299986/1‑150 (MQ=255)tgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCt > 1:1755543/1‑150 (MQ=255)tgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCt > 2:652371/1‑150 (MQ=255) aTTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCaa < 1:30931/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCTTTGCTGCTGGGAGAGACCGGCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCa < 2:565570/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAc > 2:1524533/1‑150 (MQ=255) aGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAc < 2:2346229/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAc < 2:1688890/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAc < 1:1144309/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCAc < 2:1449901/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCAc < 2:1449431/150‑1 (MQ=255) gCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAcc > 2:305540/1‑150 (MQ=255) gCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGAACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAcc < 2:1347828/150‑1 (MQ=255) 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< 1:1212296/150‑1 (MQ=255) ttCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAgg > 1:198127/1‑102 (MQ=255) | TGCCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATCACC > NC_002947/3893381‑3893678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |