| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,895,862 | G→C | 7.1% | A157P (GCC→CCC) | PP_3438 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,895,862 | 0 | G | C | 7.1% | 302.6 / 12.9 | 98 | A157P (GCC→CCC) | PP_3438 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/46); new base C (4/3); total (49/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GGCACGGCGCAGCGATGCAGTGGCTGAACCCCAAAGCCTGGTTGGCAGCCGTTGCCGGGGTGGGTGCCTACACCGGCGGTGAACAGCACTTGCTGTGGCTGTTTACCTGGATCTACGGGCCGATCTG‑TTTCATCTCGGTAGCCTGCTGGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCTTTAAGGCTTGCACGGCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGC > NC_002947/3895713‑3896011 | ggCACGGCGCAGCGATGCAGTGGCTGAACCCCAAAGCCTGGTTGGCAGCCGTTGCCGGGGTGGGTGCCTACACCGGCGGTGAACAGCACTTGCTGTGGCTGTTTACCTGGATCTACGGGCCGATCTG‑TTTCATCTCGGTAGCCTGctggg < 1:182002/150‑1 (MQ=255) aCGGCGCAGCGATGCAGTGGCTGAACCCCAAAGCCTGGTTGGCAGCCGTTGCCGGGGTGGGTGCCTACACCGGCGGTGAACAGCACTTGCTGTGGCTGTTTACCTGGATCTACGGGCCGATCTG‑TTTCATCTCGGTAGCCTGctgggcct > 1:1463361/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGCGATGCAGTGGCTGAACCCCAAAGCCTGGTTGGCAGCCGTTGCCGGGGTGGGTGCCTACACCGGCGGTGAACAGCACTTGCTGTGGCTGTTTACCTGGATCTACGGGCCGATCTG‑TTTCATCTCGGTAGCCTGctgggcctgg < 2:403100/150‑1 (MQ=255) 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tctcGGTAGCCTGCTGGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCTTTAAGGCTTGCACGGCTCCTGCa > 1:1648849/1‑150 (MQ=255) tctcGGTAGCCTGCTGGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCTTTAAGGCTTGCACGGCTCCTGCa > 2:697005/1‑150 (MQ=255) tctcGGTAGCCTGCTGGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCGTTAAGGCTTGCACGGCTCCTGCa < 1:1066025/150‑1 (MQ=255) ggTAGCCTGCCGGGCCTGGGCCGGCAGGGTGATTCGGCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCTTTAAGGCTTGCACGGCTCCTGCAGGAg < 2:2211344/150‑1 (MQ=255) gTAGCCTGCTGGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGAt > 2:2021300/1‑119 (MQ=255) gTAGCCTGCTGGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGAt < 1:2021300/119‑1 (MQ=255) ccTGCTGGGCCTGGGCCGgcaggctaccgagatgaaacagatcggcccgtagatccaggtaaacagccacagcaagtgctgttcaccgccggtgtaggcacccaccccggcaacgg < 2:3385‑M2/116‑99 (MQ=255) ccTGCTGGGCCTGGGCCGgcaggctaccgagatgaaacagatcggcccgtagatccaggtaaacagccacagcaagtgctgttcaccgccggtgtaggcacccaccccggcaacgg > 1:3385‑M2/1‑18 (MQ=255) ccTGCTGGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCTTTa < 1:368166/121‑1 (MQ=255) ctgctgGGCCTGGGCCGgcaggctaccgagatgaaacagatcggcccgtagatccaggtaaacagccacagcaagtgctgttcaccgccggtgtaggcacccaccccggcgtcggctgccaaccaggctttggggttcagccactgcatc < 1:1706998‑M2/150‑134 (MQ=255) tgctgGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCgt > 2:1978776/1‑83 (MQ=255) tgctgGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCgt < 1:1978776/83‑1 (MQ=255) gcctgggccGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCTTTAAGGCTTGCACGGCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGc < 2:2447003/150‑1 (MQ=255) gcctgggccGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCTTTAAGGCTTGCACGGCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGc < 2:1648849/150‑1 (MQ=255) | GGCACGGCGCAGCGATGCAGTGGCTGAACCCCAAAGCCTGGTTGGCAGCCGTTGCCGGGGTGGGTGCCTACACCGGCGGTGAACAGCACTTGCTGTGGCTGTTTACCTGGATCTACGGGCCGATCTG‑TTTCATCTCGGTAGCCTGCTGGGCCTGGGCCGGCAGCGTGATTCGCCAGTACCTGGACAACCCACGCCACCTGCGCATGCTCAATCGGAGCCTGGCCGTGTTACTGGTCGCCAGCGCGGTTTACCTGATCCTTTAAGGCTTGCACGGCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGC > NC_002947/3895713‑3896011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |