| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,954,383 | A→T | 5.9% | L62M (TTG→ATG) | PP_5606 ← | YVTN beta‑propeller repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,954,383 | 0 | A | T | 5.9% | 259.2 / 6.3 | 84 | L62M (TTG→ATG) | PP_5606 | YVTN beta‑propeller repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/48); new base T (2/3); total (33/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
GCTCTGCTCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAGCGCTACCCCCAGCAC > NC_002947/3954234‑3954530 | gCTCTGCTCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCAGTGGTCTGGTCGCTCAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTCCGCCG‑CCGGCCaa > 2:1301517/1‑150 (MQ=255) ctctGCTCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAAt < 2:1639874/150‑1 (MQ=255) ctctGCTCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAAt < 2:1639761/150‑1 (MQ=255) tctGCTCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATg > 2:1458353/1‑150 (MQ=255) tctGCTCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATg > 1:676888/1‑150 (MQ=255) tGCTCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGGTCGCCGCCCCCGCGTCGATACCCGACGGCGGTTGGCCGCGGAGGGGGTGGCTGAGGTTGCAGCGGTAGTTGGCGGAGCCGCCCGCCTTCAGTACGCCG‑CCGGCCAATGGc > 2:1138550/1‑150 (MQ=255) tCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCgg > 2:921692/1‑150 (MQ=255) ccgcgGGCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCgg < 1:1941750/149‑1 (MQ=255) gcgGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGc > 2:53952/1‑150 (MQ=255) gcgGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGc < 2:247667/150‑1 (MQ=255) gcgGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGc < 2:1347006/150‑1 (MQ=255) ggTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGTGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCt > 1:1633550/1‑150 (MQ=255) tCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCg < 1:1039831/150‑1 (MQ=255) cccGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGaa > 2:1163976/1‑150 (MQ=255) cccGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGAGGCCCGGCCATTGGCCggcggcgaa < 2:103322/150‑8 (MQ=255) cccGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGAGGCCCGGCCATTGGCCggcggcgaa < 1:1095351/150‑8 (MQ=255) cccGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGAGGCCCGGCCATTGGCCggcggcgaa < 1:1095825/150‑8 (MQ=255) cccGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGGCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGAGCCGCCTCCCTCCTGCATTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGaa > 1:1115617/1‑150 (MQ=255) 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ccACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAAc < 2:1950816/150‑1 (MQ=255) cACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTTAAGCGGATCTTGGAGCAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGGGCAATGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACa < 1:1309427/150‑1 (MQ=255) cACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACa < 1:837928/150‑1 (MQ=255) aCTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAg > 2:2168750/1‑150 (MQ=255) tctggtcGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGaa > 2:1832473/1‑79 (MQ=255) tctggtcGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGaa < 1:1832473/79‑1 (MQ=255) 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aGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCa < 2:208405/148‑1 (MQ=255) aGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCa > 1:208405/1‑148 (MQ=255) aGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAgc < 1:1171504/150‑1 (MQ=255) cgaggcccgGCCATTGGCC‑GGCGGCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAGCGCTa > 2:2124945/7‑150 (MQ=255) gaggcccgGCCATTGGCC‑GGCGGCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAGCGCTAc > 1:1775989/6‑150 (MQ=255) cg‑ccgGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAg > 1:1127148/1‑112 (MQ=255) cg‑ccgGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAg < 2:1127148/112‑1 (MQ=255) cg‑ccgGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAgc > 2:208279/1‑143 (MQ=255) cg‑ccgGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAgc < 1:208279/143‑1 (MQ=255) cgGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACTCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGAGCATGGCTACCCCCa > 1:491260/1‑150 (MQ=255) ggCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAGCGCTACCCCCAg < 1:1669590/150‑1 (MQ=255) cAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAGCGCTACCCCCAGCAc > 1:667441/1‑150 (MQ=255) | GCTCTGCTCGCGGTCCCCGGCCGGTGCCGACTGCGCCGGGTCGATCCACGCCCCCGGGGCCATACCCGACAGCGGTTGGCCACTGGTCTGGTCGCTGAGCTTGAAGCGGATGTTGGCGAAGCCGCCCTCCTTCAGTTCGCCG‑CCGGCCAATGGCCGGGCCTCGAACTCCACGTTCACGCCGTCCCGGCTGAGCCGGTGCAAGGCCTGCGAGCCACCCCGTTCCTGCAACAGCTCGCGCGGGTCGCACCATAGCTTTTCGTACGCCACGCCCAGGCCGATCAGCGCTACCCCCAGCAC > NC_002947/3954234‑3954530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |