| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,978,415 | G→A | 5.2% | R754C (CGC→TGC) | cobN ← | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 3,978,415 | 0 | G | A | 5.2% | 412.0 / 7.1 | 136 | R754C (CGC→TGC) | cobN | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/57); new base A (3/4); total (74/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
ACCGGTTGCCACTCACTCAGGTCGGGTAACTGTGCCGTGCCCTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCCAGCAGCGTATCCAGGC > NC_002947/3978267‑3978561 | ccctgTTGCCACTCACTCAGGTCGGGTAACTGTGCCGTGCCCTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGt > 1:1264895/5‑150 (MQ=255)aCCGGTTGCCACTCACTCAGGTCGGGTAACTGTGCCGTGCCCTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGt > 1:1768759/1‑150 (MQ=255) ggTTGCCACTCACTCAGGTCGGGTAACTGTGCCGTGCCCTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATg > 1:2346880/1‑150 (MQ=255) 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< 2:2066327/114‑1 (MQ=255) cgtgccCTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCg > 1:2066327/1‑114 (MQ=255) cgtgccCTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAg > 1:1130073/1‑150 (MQ=255) cccGCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCggg < 2:1150124/150‑1 (MQ=255) ccTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCTAGCCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGt > 1:1972008/1‑150 (MQ=255) ccTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGACACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGt > 1:1611875/1‑150 (MQ=255) 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aTTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGa < 1:1520723/130‑1 (MQ=255) aTTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGa > 2:1520723/1‑130 (MQ=255) ttGCTAATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGc > 2:2441629/1‑150 (MQ=255) gCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGcaa < 2:1130073/150‑1 (MQ=255) cTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAAGGCCGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGcaac > 1:23902/1‑150 (MQ=255) tCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGcaaca > 1:941013/1‑150 (MQ=255) tCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGcaaca > 1:494008/1‑150 (MQ=255) aTGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTgg < 1:2335003/109‑1 (MQ=255) aTGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCaacaac < 1:1619157/150‑1 (MQ=255) tGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACg > 1:771521/1‑150 (MQ=255) cTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTAGCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCcag > 2:1484694/1‑150 (MQ=255) tGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCACGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGcgacc > 2:894679/1‑146 (MQ=255) gCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCcagca < 1:265497/150‑1 (MQ=255) ttCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCCAGCAGCGTATc > 2:219889/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCCAGCAGCGTATCCa < 2:2378387/150‑1 (MQ=255) aGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCCAGCAGCGTATCCAg > 1:2011314/1‑150 (MQ=255) gggCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCCAGCAGCGTATCCAgg > 2:1620108/1‑150 (MQ=255) gggCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAG‑CCGAAGAGAAGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCCAGCAGCGTATCCAgg > 1:413075/1‑150 (MQ=255) ggCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAAGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCCAGCAGCGTATCCAGGc > 2:2033844/1‑150 (MQ=255) gTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCaaa > 1:835246/1‑71 (MQ=255) gTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCaaa < 2:835246/71‑1 (MQ=255) | ACCGGTTGCCACTCACTCAGGTCGGGTAACTGTGCCGTGCCCTCCAATGCCTGCCCGATCACCTGCAGTGCCAGCAGCTCAAGGCGCTCGCGGGTGTCGCCACAGGTGCGCCAAGGTTCATTGCTCATGGCCTGCAGCTGTTCAGGGCGTATGCCCTGCCACGGCTGCCCAAGGTCGCAGTCGAGCGGGTCCCAGCCCGGCACCAGTGCTTTGGCCAAAGCCCGCAG‑CAGGCTGGCATTACCCCCACGACCGTCGCCACGCTCGACCCGCAACAACGCCAGCAGCGTATCCAGGC > NC_002947/3978267‑3978561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |