| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,072,512 | G→C | 5.9% | A332G (GCG→GGG) | mdtA ← | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,072,512 | 0 | G | C | 5.9% | 370.6 / 11.0 | 118 | A332G (GCG→GGG) | mdtA | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/62); new base C (3/4); total (52/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
AGACGGTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGATGC > NC_002947/4072371‑4072659 | aGACGGTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCggg < 1:1734408/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTTGAGGTCCGCGGCCGGGGc < 2:1165664/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCCGGCTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCCCGGCCGCGGCCAtc < 2:675740/150‑2 (MQ=255) tCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATg < 1:1563123/150‑1 (MQ=255) cGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGacca < 1:2371212/150‑1 (MQ=255) cGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGacca > 2:754236/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCAGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTGGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGacca > 2:440838/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGaccac < 2:532698/150‑1 (MQ=255) 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ccGTCGACAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACAACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAgg < 2:1225386/150‑1 (MQ=255) cGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGgtgt < 2:167835/150‑1 (MQ=255) gagaATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTc < 1:538586/150‑1 (MQ=255) gagaATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTc > 2:209510/1‑150 (MQ=255) gACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGATTGCGGACCATGCCACGGGTTGGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAg > 1:893409/1‑150 (MQ=255) 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cATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGa < 1:954482/150‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGa > 1:1101315/1‑122 (MQ=255) ggCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTg < 1:854281/150‑1 (MQ=255) cacccaccTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCa < 1:2196465/126‑1 (MQ=255) cacccaccTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCa > 2:2196465/1‑126 (MQ=255) cccaccTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTg < 2:1834683/150‑1 (MQ=255) 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tcaTGGCCCCGGCCGCGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCggtggtg > 2:888081/3‑134 (MQ=255) ggATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCa < 2:2380290/120‑1 (MQ=255) gATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTgg > 2:551563/1‑145 (MQ=255) gATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTgg < 1:551563/145‑1 (MQ=255) tGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTc < 1:2023280/116‑1 (MQ=255) gCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGAtg < 1:1769853/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGAtg < 1:484632/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGAtgc > 2:1832533/1‑150 (MQ=255) gcgGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGt > 2:741534/1‑142 (MQ=255) gcgGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGt < 1:741534/142‑1 (MQ=255) | AGACGGTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGATGC > NC_002947/4072371‑4072659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |