| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,072,519 | G→C | 5.8% | P330A (CCG→GCG) | mdtA ← | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,072,519 | 0 | G | C | 5.8% | 379.9 / 11.3 | 120 | P330A (CCG→GCG) | mdtA | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/63); new base C (3/4); total (53/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AGACGGTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGATGCTGCCCA > NC_002947/4072371‑4072665 | aGACGGTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCggg < 1:1734408/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTTGAGGTCCGCGGCCGGGGc < 2:1165664/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCCCGGCCGCGGCCAt < 2:1417448/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCCGGCTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCCCGGCCGCGGCCAtc < 2:675740/150‑2 (MQ=255) tCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATg < 1:1563123/150‑1 (MQ=255) cGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGacca > 2:754236/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCAGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTGGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGacca > 2:440838/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGaccac < 1:1585307/150‑1 (MQ=255) 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cGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGgtgt < 2:167835/150‑1 (MQ=255) gagaATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTc < 1:538586/150‑1 (MQ=255) gagaATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTc > 2:209510/1‑150 (MQ=255) tGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGCCGGCCa < 2:2242441/150‑1 (MQ=255) gACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGATTGCGGACCATGCCACGGGTTGGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAg > 1:893409/1‑150 (MQ=255) 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1:1014446/1‑150 (MQ=255) aGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAgg < 2:1885652/150‑1 (MQ=255) gCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGTCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAg < 1:860533/150‑1 (MQ=255) cGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGaa > 1:914035/1‑128 (MQ=255) cGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGaa < 2:914035/128‑1 (MQ=255) aTTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGt < 2:1044675/128‑1 (MQ=255) aTTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGt > 1:1044675/1‑128 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cGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGgtgt < 2:52531/150‑1 (MQ=255) cGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGAACTCCAGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGgtgt < 1:23688/150‑1 (MQ=255) gTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTc > 1:1179114/1‑150 (MQ=255) tGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTg > 2:1769853/1‑150 (MQ=255) tcaTGGCCCCGGCCGCGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCggtggtg > 2:888081/3‑134 (MQ=255) ggATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCa > 1:2380290/1‑120 (MQ=255) gATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTgg < 1:551563/145‑1 (MQ=255) gATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTgg > 2:551563/1‑145 (MQ=255) tGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTc > 2:2023280/1‑116 (MQ=255) tGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTc < 1:2023280/116‑1 (MQ=255) gCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGAtg < 1:484632/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGAtg < 1:1769853/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGAtgc > 2:1832533/1‑150 (MQ=255) gcgGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGt > 2:741534/1‑142 (MQ=255) ccGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGATGCTGCCCa < 2:290850/150‑1 (MQ=255) | AGACGGTCGCCGGCCTTCAAGCCGTCGAGAATGACGCTGTTCTCGCCATCGCTGGCACCCACCTTCAGCTTGCGGACATTGACGGTGCTCTGCTCATTGACCACATAGGCGAAGGTGCCATCGTTGCCAAACTGGATGGCCGCGGCCGGGGCCATGACCACCTGTTTGAGGGTGTCGGCCAGCAAGCGCACGTTGACGAACTGGTTGGGGAACAGGGCCAGGTCCTTGTTCTCGAAACGGCCTTTGAACTTCAGCGTGCCGGTGGTGGTGTCGATCTGGTTGTCGATGCTGCCCA > NC_002947/4072371‑4072665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |