| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,246,229 | C→G | 5.9% | M30I (ATG→ATC) | alr ← | alanine racemase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,246,229 | 0 | C | G | 5.9% | 327.2 / 9.6 | 102 | M30I (ATG→ATC) | alr | alanine racemase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/51); new base G (4/2); total (49/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CCATAGGCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTT > NC_002947/4246080‑4246378 | ccATAGGCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTcc > 1:734633/1‑150 (MQ=255) cATAGGCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCa > 2:1639297/1‑150 (MQ=255) aTAGGCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCAt > 2:738256/1‑150 (MQ=255) aGGCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCg < 1:57489/150‑1 (MQ=255) ggCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGa < 1:738256/150‑1 (MQ=255) aTCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACaa > 1:907097/1‑150 (MQ=255) aTCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACaa > 1:1429079/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAAc > 2:254576/1‑150 (MQ=255) ccTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCTTCCAccatttgg < 2:221720/150‑8 (MQ=255) cTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACACA‑GGACTCGGTGTTTTGGATGGAAAGCTTCATGTTGCCTTGGTCCATCGATAACgctgg > 2:1205172/1‑150 (MQ=255) gCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCg < 1:872491/150‑1 (MQ=255) ggCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTTACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATa < 1:1855647/150‑1 (MQ=255) cacaGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCCGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAgg < 1:805013/150‑1 (MQ=255) 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1:1099565/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCgt < 1:99538/115‑1 (MQ=255) caccGTTGTCGATGGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAg > 2:1986817/3‑147 (MQ=255) caccGTTGTCGATGGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAg < 1:1986817/145‑1 (MQ=255) caccGTTGTCGATGGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGgtg > 1:903510/3‑150 (MQ=255) gCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGAGGGCCTGAGCGGTGATCATAAGTGCCATGTATTCAGCCAGAAGGGTACGGCGAACGGGCCTGCTGACTACTAGTGTTCCTGTCCTAGTGCGCGCCCCAACATACGCAGgtgg < 2:2366322/150‑2 (MQ=255) accGTTGTCGATGGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAATGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGgtgt > 2:1775956/2‑150 (MQ=255) cGTTGTCCATCGACAACGGTGGTACCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCGAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGgagtgt > 2:1185497/1‑150 (MQ=255) ttGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTgc > 1:1488026/1‑124 (MQ=255) ttGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTgc < 2:1488026/124‑1 (MQ=255) gTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTGCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGa > 2:604451/1‑150 (MQ=255) cATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGtt > 2:1740950/1‑150 (MQ=255) cATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGtt > 2:1059181/1‑150 (MQ=255) cATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGtt > 1:1324471/1‑150 (MQ=255) | CCATAGGCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTT > NC_002947/4246080‑4246378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |