| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,246,232 | C→G | 5.8% | S29S (TCG→TCC) | alr ← | alanine racemase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,246,232 | 0 | C | G | 5.8% | 324.3 / 9.6 | 104 | S29S (TCG→TCC) | alr | alanine racemase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/50); new base G (4/2); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AGGCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGA > NC_002947/4246084‑4246381 | aGGCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCg < 1:57489/150‑1 (MQ=255) ggCATCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGa < 1:738256/150‑1 (MQ=255) aTCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATc > 1:1569395/1‑145 (MQ=255) aTCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACaa > 1:907097/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAAc > 2:254576/1‑150 (MQ=255) ccTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCTTCCAccatttgg < 2:221720/150‑8 (MQ=255) cTTGAGCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACACA‑GGACTCGGTGTTTTGGATGGAAAGCTTCATGTTGCCTTGGTCCATCGATAACgctgg > 2:1205172/1‑150 (MQ=255) gCACGGCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCg < 1:872491/150‑1 (MQ=255) ggCGCACAGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTTACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATa < 1:1855647/150‑1 (MQ=255) cacaGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCCGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAgg < 1:805013/150‑1 (MQ=255) acaGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAggg > 1:1071174/1‑150 (MQ=255) aGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAggggg < 1:1571113/150‑1 (MQ=255) aGCTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCAACAACGGTGGTGCCGCATACAggggg < 1:1639297/150‑1 (MQ=255) cTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGc < 1:1101799/150‑1 (MQ=255) cTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGc > 1:1545681/1‑150 (MQ=255) cTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGc < 1:1676352/150‑1 (MQ=255) cTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGc > 1:457142/1‑150 (MQ=255) cTTGGACTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGc > 1:451549/1‑150 (MQ=255) aCTTGCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTc < 2:1071174/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGt < 2:734633/150‑1 (MQ=255) ccGGCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTg < 2:437110/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGAt > 1:1230833/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGAt < 2:639613/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAg > 1:1054525/1‑150 (MQ=255) gCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGaa < 1:1384974/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGaa > 2:2044395/1‑150 (MQ=255) gCTCGGCCTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGaa < 1:215381/150‑1 (MQ=255) cgatctccTGCAGCGTGCGGATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACATCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCCGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCGTGTCCGGTGATCAGaa < 2:1225239/144‑1 (MQ=255) 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ggATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCa > 1:432165/1‑150 (MQ=255) ggATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCa > 1:113268/1‑150 (MQ=255) gATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCgg > 1:1985930/1‑122 (MQ=255) gATGTTGTGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCgg < 2:1985930/122‑1 (MQ=255) gttgtGCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAg > 2:2380600/1‑150 (MQ=255) gtgCTGCAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGt > 1:441562/1‑150 (MQ=255) tgctgcAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCa > 2:1248734/1‑130 (MQ=255) tgctgcAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCa < 1:1248734/130‑1 (MQ=255) ctgcAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACg < 1:2044395/150‑1 (MQ=255) cAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCGATGGACAACggc > 2:710284/1‑81 (MQ=255) cAGGGCGCTGGCGCTGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCGATGGACAACggc < 1:710284/82‑2 (MQ=255) ggcgctggcgctGACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGaaa < 1:983808/150‑1 (MQ=255) tggcgctgACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCa > 1:621489/1‑150 (MQ=255) gctgACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGt < 2:113268/150‑1 (MQ=255) ctgACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAggggg > 2:1856084/1‑87 (MQ=255) ctgACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAggggg < 1:1856084/87‑1 (MQ=255) ctgACTTCGACCCA‑GGCATTGCTGTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTg > 1:270264/1‑150 (MQ=255) tttCGACCCA‑GGCATTGCTTTTTTGCACGGTCAGGGTGTTGGTGCCGTTGTCCATCGACAACGGTGGTGCCGCAACCAGGGGGTCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTgcggg < 2:2300736/149‑5 (MQ=255) 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2:1740950/1‑150 (MQ=255) cATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGtt > 2:1059181/1‑150 (MQ=255) cATCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGtt > 1:1324471/1‑150 (MQ=255) aTCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGaa > 2:2027191/1‑70 (MQ=255) aTCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGaa < 1:2027191/70‑1 (MQ=255) aTCGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTc > 2:1324915/1‑150 (MQ=255) cGACAACGGTGGTGCCGCATACAGGGGGGCCTGTCCGGTGATCAGAAGTGCCAGGGATGCAGCCAGAAGGGTACGGCGAAAGGGCATGGTGATTACTCGTGTTCTTGTCGTAGTGCGCGCCTTAACAGACGCAGGTGTGTTTGAGTTCGa < 1:1492046/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |