Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 359,728 | T→G | 9.6% | intergenic (+85/+35) | gbdR → / ← PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 359,728 | 0 | T | G | 9.6% | 399.4 / 34.4 | 156 | intergenic (+85/+35) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/76); new base G (9/6); total (74/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.07e-01 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCC > NC_002947/359579‑359872 | cGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTcc < 2:2220098‑M2/150‑3 (MQ=255) aTGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTGGGCCTTTGCCAGGGTAGGGCTCTGACACGGCGCCGGCCTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgc < 1:1750239‑M2/150‑5 (MQ=255) aTGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGCTCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgc < 1:347054‑M2/150‑5 (MQ=255) gcggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCGCAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaa > 2:1483085‑M2/1‑143 (MQ=255) gcggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaa > 1:918999‑M2/1‑143 (MQ=255) cggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaag > 1:1667753‑M2/1‑142 (MQ=255) ggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAgg < 1:990513/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGc < 2:1055899/150‑1 (MQ=255) 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> 1:1810274/1‑150 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCa < 2:1733132/150‑1 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCa > 2:1309520/1‑150 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCGTGCcgcgaagaggccggcgcggagtcagatccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacaggg < 2:1373715‑M2/150‑102 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGAGCGGGCGTGCcgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctgg > 1:1985739‑M2/1‑49 (MQ=255) caccgctggctcaagctcagcgggtgacctgtgggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGTTGGCCGGGCGTACTGCCGGCAgg > 2:1133202‑M2/36‑150 (MQ=255) caccgctggctcaagctcagcgggtgacctgtgggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCa < 1:1385219‑M2/113‑1 (MQ=255) cgctggctcaagctcagcgggtgatctgtgggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcg > 2:810208‑M2/33‑79 (MQ=255) cgctggctcaagctcagcgggtgatctgtgggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcg < 1:810208‑M2/47‑1 (MQ=255) ccGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCt > 1:667609/1‑130 (MQ=255) cGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTgg > 2:1980509/1‑106 (MQ=255) tggctcaagctcagcgggtgacccgtgggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAtcgtc < 2:1759952‑M2/121‑1 (MQ=255) tGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAtcgtcg > 1:458546/1‑150 (MQ=255) gCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaaggggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtc < 1:651700‑M2/84‑48 (MQ=255) gCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaaggggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtc > 2:651700‑M2/1‑37 (MQ=255) ttGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAtcgtcg > 2:96798/1‑145 (MQ=255) ttGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAtcgtcg < 1:96798/145‑1 (MQ=255) gCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGTTGCCGGTCCTTGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCgg > 1:1872439/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCt < 1:1399441/50‑1 (MQ=255) gCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCt > 2:1399441/1‑50 (MQ=255) gCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCgg < 1:248840/150‑1 (MQ=255) ccAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgt < 1:399400/74‑1 (MQ=255) gATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCt < 2:360419/150‑1 (MQ=255) tCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGc < 1:1652832/150‑1 (MQ=255) gggGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTccac < 1:1161166‑M2/147‑1 (MQ=255) gggggTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTGGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATcc < 2:347054/149‑1 (MQ=255) gcTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCt > 2:1683990/1‑135 (MQ=255) | GCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCC > NC_002947/359579‑359872 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |