Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,730,172 | T→C | 5.9% | S440G (AGT→GGT) | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,730,172 | 0 | T | C | 5.9% | 363.1 / 7.6 | 119 | S440G (AGT→GGT) | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/61); new base C (3/4); total (54/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCA > NC_002947/4730024‑4730314 | acgGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTgg < 1:2119789/150‑1 (MQ=255) gggCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTg > 1:422219/1‑150 (MQ=255) aGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGAGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATACTCGGCACTGGTGCCGa > 2:458787/1‑150 (MQ=255) gCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGaa < 2:422219/150‑1 (MQ=255) gCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGag < 1:427217/150‑2 (MQ=255) cccGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAAt > 2:1388913/1‑150 (MQ=255) cccGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAAt > 1:129520/1‑150 (MQ=255) gccgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTcc > 2:48830/1‑150 (MQ=255) gTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCatt < 1:1074181/150‑1 (MQ=255) gTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCatt < 1:857019/150‑1 (MQ=255) gTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCatt < 1:1744920/150‑1 (MQ=255) tGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattg < 2:1174920/150‑1 (MQ=255) ggTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgc > 2:1631339/1‑150 (MQ=255) tttCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcga < 1:778259/150‑1 (MQ=255) tttCTTATAATTAACGCTTCTTACCGTCATCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcga < 1:927/150‑1 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcgattgc > 1:2299053/1‑150 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcgattgc > 1:269776/1‑150 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGAAACGTAAACCACGTTTTTTGCGGCGTCATGTATTGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcgattgc > 1:46301/1‑150 (MQ=255) 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tcttACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCa < 2:1400817/150‑1 (MQ=255) tcttACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCa < 1:1385294/150‑1 (MQ=255) aCGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTc < 1:570289/150‑1 (MQ=255) cGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCg < 1:441542/150‑1 (MQ=255) ttGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCTTTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCa < 2:1345243/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATggg < 1:2166213/150‑1 (MQ=255) aaTGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGAAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCAGCATGCCCAGATCCTCGGCACTGTTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGcc < 2:864876/150‑1 (MQ=255) gccgccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCAc > 2:577158/1‑150 (MQ=255) cgccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGt < 1:1631339/150‑1 (MQ=255) cATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGaa < 1:577158/150‑1 (MQ=255) 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< 1:462036/150‑1 (MQ=255) tCCTCGGCACTGGTGCAGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACGAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGGAGCCATc > 2:1227393/1‑150 (MQ=255) attCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCg > 1:103692/3‑150 (MQ=255) attCGGCACCAGTGCCGAATCCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtc > 1:839654/3‑94 (MQ=255) attCGGCACCAGTGCCGAATCCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtc < 2:839654/92‑1 (MQ=255) ttCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAaca > 2:2186292/2‑79 (MQ=255) cTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGTCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGc > 1:1745223/1‑150 (MQ=255) 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GACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCA > NC_002947/4730024‑4730314 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |