| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,790,321 | C→T | 5.2% | Q1188Q (CAG→CAA) | pvdI ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,790,321 | 0 | C | T | 5.2% | 348.4 / 6.3 | 116 | Q1188Q (CAG→CAA) | pvdI | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/54); new base T (4/2); total (60/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
ACCATCACGCCCATCGACCAGCCGTCGGAGACGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAAC > NC_002947/4790172‑4790468 | aCCATCACGCCCATCGACCAGCCGTCGGAGACGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAActgc > 1:1889875/1‑150 (MQ=255) aTCACGCCCATCGACCAGCCGTCGGAGACGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAActgct < 1:1341195/148‑1 (MQ=255) cGCCCATCGACCAGCCGTCGGAGACGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACa < 2:1040427/150‑1 (MQ=255) 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gTCGGAGACGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCaaa > 2:2361017/1‑150 (MQ=255) gagaCGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCt < 1:161351/150‑1 (MQ=255) agaCGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCaaa < 1:1673888/145‑1 (MQ=255) agaCGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCaaa > 2:1673888/1‑145 (MQ=255) gATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTgcgc > 1:1922617/1‑150 (MQ=255) 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aCGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAgg < 1:1054502/150‑1 (MQ=255) aCGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAgg < 1:2221348/150‑1 (MQ=255) gAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCTCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGt > 1:724304/1‑150 (MQ=255) gAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAgggg > 2:2210247/1‑149 (MQ=255) gAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGt < 2:1460659/150‑1 (MQ=255) 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cccgcgCAACTGTTGCAGCAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACTTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAg > 2:588382/6‑150 (MQ=255) ccgcgCAACTGTTGCAGCAGTTGCACGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACa > 1:1054240/5‑119 (MQ=255) ccgcgCAACTGTTGCAGCAGTTGCACGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACa < 2:1054240/115‑1 (MQ=255) tGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGc > 1:1213191/1‑135 (MQ=255) tGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGc < 2:1213191/135‑1 (MQ=255) tGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGcc < 2:1922617/150‑1 (MQ=255) tGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGcc > 1:2348038/1‑150 (MQ=255) cAACTGTTGCAGCAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGc < 2:1946103/72‑1 (MQ=255) cAACTGTTGCAGCAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGc > 1:1946103/1‑72 (MQ=255) tgctgcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAAc > 2:1574842/1‑150 (MQ=255) tgctgcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAAc > 1:241980/1‑150 (MQ=255) tgctgcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTGGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCCGCGCCGAAAAc > 1:234008/1‑150 (MQ=255) | ACCATCACGCCCATCGACCAGCCGTCGGAGACGATGTGGTGCAGGGTCACGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAAC > NC_002947/4790172‑4790468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |