| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,855,056 | A→C | 5.2% | N30K (AAT→AAG) | dnaX ← | DNA polymerase III subunit gamma |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,855,056 | 0 | A | C | 5.2% | 282.6 / 6.0 | 97 | N30K (AAT→AAG) | dnaX | DNA polymerase III subunit gamma |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/47); new base C (2/3); total (47/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
GGCACACCGAACAGGTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGATAACTCATCGAAAAACCATCGTAGCCTGATCGAGCGGAAGATCGCTAATGCTAGCGGAGCGGGGGCAA > NC_002947/4854908‑4855205 | ggCACACCGAACAGGTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCAt < 2:1202032/150‑1 (MQ=255)ggCACACCGAACAGGTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCAt > 1:852507/1‑150 (MQ=255) gCACACCGAACAGGTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCAtt < 2:415683/150‑1 (MQ=255) acacCGAACAGGTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGa < 1:276657/150‑1 (MQ=255) acCGAACAGGTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATc > 1:1417343/1‑150 (MQ=255) gAACAGGTGCCACAGGGCGCGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAg > 2:341813/1‑150 (MQ=255) aGGTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCt < 2:852507/150‑1 (MQ=255) ggTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTGCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCtt > 1:460743/1‑150 (MQ=255) gTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCtt > 2:1504665/1‑149 (MQ=255) gTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCtt < 1:1504665/149‑1 (MQ=255) tGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAg < 1:1550464/143‑1 (MQ=255) tGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAg > 2:1550464/1‑143 (MQ=255) tGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGa < 1:2128835/150‑1 (MQ=255) tGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGa < 2:2156169/150‑1 (MQ=255) cacaGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGca > 2:2012087/1‑150 (MQ=255) caGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCCTTGATCAATGCCTTggacaac < 1:1586564/150‑7 (MQ=255) gggCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTGGGGCACTGGGCGATACTACGGGCGATGGTCCTCTTGTGGCACGCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATg < 1:1223911/150‑1 (MQ=255) ggCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATgg > 1:841577/1‑150 (MQ=255) 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ataataCGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGAc < 1:1687751/142‑1 (MQ=255) taataCGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGTTGGTTTTCCAAGGCATTGATCAATGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTc < 1:2121360/150‑1 (MQ=255) taCGGGCGATGGTAGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTg > 2:980929/1‑150 (MQ=255) gCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTcgcg > 2:941167/1‑119 (MQ=255) gCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTcgcg < 1:941167/119‑1 (MQ=255) gATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAAc < 1:2136597/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGATAACTCATCGAAAAACCATCGTAGCCTGATCGAGCGGAAGATCGCTAATGCTAGCGGAGCggg < 1:1275642/150‑1 (MQ=255) aGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACCTCGGTCTGTCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCCGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGATAACTCATCGAAAAACCATCGTAGCCTGATCGAGCGGAAGATCGCTAATGCTAGCGGAGCgggg < 2:896572/150‑1 (MQ=255) aGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGa < 1:1541611/86‑1 (MQ=255) aGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGa > 2:1541611/1‑86 (MQ=255) ggCATGGATCAAGGCGGTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGATAGCTCATCGAAAAACCATCGTAGCCTGATCGAGCGGAAGATCGCTAATGCTAGCGGAGCggggg < 2:699044/150‑1 (MQ=255) aTTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGATAACTCATCGAAAAACCATCGTAGCCTGATCGAGCGGAAGATCGCTAATGCTAGCGGAGCGGGGGCaa > 1:550289/1‑150 (MQ=255) aTTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGATAACTCATCGAAAAACCATCGTAGCCTGATCGAGCGGAAGATCGCTAATGCTAGCGGAGCGGGGGCaa > 1:2335722/1‑150 (MQ=255) aTTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGATAACTCATCGAAAAACCATCGTAGCCTGATCGAGCGGAAGATCGCTAATGCTAGCGGAGCGGGGGCaa > 2:1343484/1‑150 (MQ=255) | GGCACACCGAACAGGTGCCACAGGGCGTGGAGGTGATGCCGGTTTCACAGTTCAGGCACTTGGCGATAATACGGGCGATGGTCGTCTTGCCCACCCCGCGGGTACCGGTGAACAGGTAGGCATGGTGCAGGCGCTGGTTGTCCAAGGCATTGATCAAGGCCTTGAGCACATGGGTCTGGCCGACCATTTCGCGGAACGAGCGCGGACGCCATTTTCGTGCAAGAACCTGATAACTCATCGAAAAACCATCGTAGCCTGATCGAGCGGAAGATCGCTAATGCTAGCGGAGCGGGGGCAA > NC_002947/4854908‑4855205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |