| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,862,654 | G→T | 5.1% | F1088L (TTC→TTA) | smc ← | chromosome partition protein Smc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,862,654 | 0 | G | T | 5.1% | 304.5 / 2.0 | 94 | F1088L (TTC→TTA) | smc | chromosome partition protein Smc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/51); new base T (2/3); total (40/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CCATCAATTGGTCCGCCATCTCCATGGCAATCTTGTTATGGGTGATGTAGATGAACTGCACGCTTTCACTCATTTCCTTGACCAGACGCGCGTAGCGCCCGACGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGTGGGCGCGCCATGATCGTCACCCCTGTATCGAGTAAATCTTCGC > NC_002947/4862509‑4862802 | ccATCAATTGGTCCGCCATCTCCATGGCAATCTTGTTATGGGTGATGTAGATGAACTGCACGCTTTCACTCATTTCCTTGACCAGACGCGCGTAGCGCCCGACGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAAc < 1:1963547/149‑1 (MQ=255)ccATCAATTGGTCCGCCATCTCCATGGCAATCTTGTTATGGGTGATGTAGATGAACTGCACGCTTTCACTCATTTCCTTGACCAGACGCGCGTAGCGCCCGACGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAAc > 2:1963547/1‑149 (MQ=255)ccATCAATTGGTCCGCCATCTCCATGGCAATCTTGTTATGGGTGATGTAGATGAACTGCACGCTTTCACTCATTTCCTTGACCAGACGCGCGTAGCGCCCGACGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAACg > 1:1678678/1‑150 (MQ=255) 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1:1433986/150‑1 (MQ=255) gccGACGTGGGCGCCCTCCAGCGGGGCGTCGACCTCGGCGAGCATGCATAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCATACCCCAGCCTCAAGGCGTTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATAGTGCTGTTCTTCTTGcc < 2:416350/149‑1 (MQ=255) cccGACGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGcc > 2:774738/1‑150 (MQ=255) ccGACGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCGAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAatggatg > 2:1660325/1‑132 (MQ=255) ccGACGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAatggatg < 1:1660325/132‑1 (MQ=255) aCGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGt < 1:1948745/150‑1 (MQ=255) 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gcgcATCGACCTCGTCGAGCATGCATAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGTGGGCGCGCCATGATCGTCa < 1:76743/150‑1 (MQ=255) gcATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGTGGGCGCGCCATGATCGTCAcc < 2:193781/150‑1 (MQ=255) gACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATg < 1:2054053/46‑1 (MQ=255) gACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATg > 2:2054053/1‑46 (MQ=255) aCCTCGGCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGTGGGCGCGCCATAATCGTCACCCCTGTa < 1:2327830/150‑1 (MQ=255) cTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGTGGGCGCGCCATGATc < 1:963520/136‑1 (MQ=255) cTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGTGGGCGCGCCATGATc > 2:963520/1‑136 (MQ=255) gCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGt > 2:57660/1‑94 (MQ=255) gCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGt < 1:57660/94‑1 (MQ=255) aGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGTGGGCGCGCCATGATCGTCACCCCTGTATCGAGTAAATCTTCGc > 1:1203558/1‑150 (MQ=255) | CCATCAATTGGTCCGCCATCTCCATGGCAATCTTGTTATGGGTGATGTAGATGAACTGCACGCTTTCACTCATTTCCTTGACCAGACGCGCGTAGCGCCCGACGTTGGCATCGTCCAGCGGCGCATCGACCTCGTCGAGCATGCAGAACGGTGCGGGGTTCAACTTGAAGATGGCAAACACCAGCGCCAAGGCGGTCAGTGCCTTCTCGCCGCCGGACAGCAAATGGATGGTGCTGTTCTTCTTGCCCGGTGGGCGCGCCATGATCGTCACCCCTGTATCGAGTAAATCTTCGC > NC_002947/4862509‑4862802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |