| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,135,931 | G→C | 5.6% | D229E (GAC→GAG) | PP_4521 ← | aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,135,931 | 0 | G | C | 5.6% | 341.0 / 8.9 | 107 | D229E (GAC→GAG) | PP_4521 | aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/53); new base C (3/3); total (51/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TCAGTCTCGCTGCGCTGCCGGTCGAGCATCTGCGCCTGGGCATCGGACAAGTCGGAAGATTGCGCCGCCCGCGACTTTACCCCGACCCCGGCATCCACCAGGCGGGTCAGGGCCGTTTGCAGACGGGCTTCTTCGCTGATGATGGCCAGGTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCAGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCTGCCGGTGCTCGACCCAGTACCAAGCCAGCAGCAGACTTGCCAT > NC_002947/5135782‑5136080 | tCAGTCTCGCTGCGCTGCCGGTCGAGCATCTGCGCCTGGGCATCGGACAAGTCGGAAGATTGCGCCGCCCGCGACTTTACCCCGACCCCGGCATCCACCAGGCGGGTCAGGGCCGTTTGCAGACGGGCTTCTTCGCTGATGATGGCCAgg < 1:486/150‑1 (MQ=255)tCAGTCTCGCTGCGCTGCCGGTCGAGCATCTGCGCCTGGGCATCGGACAAGTCGGAAGATTGCGCCGCCCGCGACTTTACCCCGACCCCGGCATCCACCAGGCGGGTCAGGGCCGTTTGCAGACGGGCTTCTTCGCTGATGATGGCCAgg > 2:2231787/1‑150 (MQ=255) aGTCTCGCTGCGCTGCCGGTCGAGCATCTGCGCCTGGGCATCGGACAAGTCGGAAGATTGCGCCGCCCGCGACTTTACCCCGACCCCGGCATCCACCAGGCGGGTCAGGGCCTTTTGCAGACGGGCTTCTTCGCTGATGATGGCCAGGTc > 1:1604780/1‑150 (MQ=255) 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agggCCAGCTCGACCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCAGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCt > 2:371699/3‑115 (MQ=255) agggCCAGCTCGACCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCAGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCt < 1:371699/113‑1 (MQ=255) ggCCAGGTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCAGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCTGCCGGTGCTCGACCCAGTACCAAGCCAGCAGCAGACt > 1:1133760/1‑150 (MQ=255) gCCAGGTCGAGCTGGCCCTTCAGGCTTGGGTGGTCGCTGTAGGCCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCGTGGGAGGCTCAGCCAACGTGCGCCGAATGGCCTGGTTCTGCCGGTGCTCGACCCAGTACCAAGCCAGCAGCAGCCtt < 2:808110/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCAGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCTGCCGGTGCTCGACCCAGTACCAAGCCAGCAGCAGACTTg > 1:1571429/1‑150 (MQ=255) cAGGTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCGGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCTGCCGGTGCTCGACCCAGTa < 1:1437619/129‑1 (MQ=255) cAGGTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCGGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCTGCCGGTGCTCGACCCAGTa > 2:1437619/1‑129 (MQ=255) gTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGAt > 1:2321550/1‑74 (MQ=255) gTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGAt < 2:2321550/74‑1 (MQ=255) gTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCAGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCTGCCGGTGCTCGACCCAGTACCAAGCCAGCAGCAGACTTGCCAt > 1:2028035/1‑150 (MQ=255) | TCAGTCTCGCTGCGCTGCCGGTCGAGCATCTGCGCCTGGGCATCGGACAAGTCGGAAGATTGCGCCGCCCGCGACTTTACCCCGACCCCGGCATCCACCAGGCGGGTCAGGGCCGTTTGCAGACGGGCTTCTTCGCTGATGATGGCCAGGTCGAGCTGGCCCTTCAGGCCTGGGTTGTCGCTGTAGGTCAGCGCCACCAACGGACTGGTAAAGGCCTTGGGATGCTCAGCCAACGTGCGACGAATGGCCTGGTTCTGCCGGTGCTCGACCCAGTACCAAGCCAGCAGCAGACTTGCCAT > NC_002947/5135782‑5136080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |