| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,172,353 | T→C | 7.0% | T219A (ACC→GCC) | fadD‑I ← | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,172,353 | 0 | T | C | 7.0% | 281.9 / 6.6 | 98 | T219A (ACC→GCC) | fadD‑I | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/47); new base C (2/5); total (46/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGA > NC_002947/5172205‑5172502 | aaGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCggtg < 1:973876/150‑1 (MQ=255)aaGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCggtg > 1:1736517/1‑150 (MQ=255)aaGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCACCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCCTGGCGCCTTTGGCCACACCggtg < 2:1186564/150‑1 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2:1860674/1‑150 (MQ=255) cTTTGGCCACACCTGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGCCCTGCGGGTTGGCCTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCAtct < 2:1299833/150‑1 (MQ=255) ggCCACACCGGTG‑GTACCGTCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATcttctt > 2:863968/1‑150 (MQ=255) ggCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATcttctt < 1:933925/150‑1 (MQ=255) ccACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCa > 1:2161559/1‑150 (MQ=255) tacacCGGCG‑GTACCACCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCTGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGaaa > 2:594507/2‑106 (MQ=255) tacacCGGCG‑GTACCACCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCTGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGaaa < 1:594507/105‑1 (MQ=255) cacaCCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAc > 1:957365/1‑150 (MQ=255) cacaCCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGACTGCGGCAAGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAc < 1:1012746/150‑1 (MQ=255) acacCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACg > 1:2303612/1‑150 (MQ=255) cacCGGCG‑GTACCACCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGt > 2:767598/1‑150 (MQ=255) acCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTCGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTa > 2:920259/1‑150 (MQ=255) cGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACt > 2:703096/1‑150 (MQ=255) tg‑gtACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGa < 1:1457118/150‑1 (MQ=255) | AAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGA > NC_002947/5172205‑5172502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |