| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 432,018 | C→T | 5.5% | C100Y (TGC→TAC) ‡ | PP_0354 ← | CBS domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 432,018 | 0 | C | T | 5.5% | 265.3 / 2.4 | 90 | C100Y (TGC→TAC) ‡ | PP_0354 | CBS domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/43); new base T (3/2); total (45/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ACCGCGCAGGGCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGT > NC_002947/431870‑432162 | acCGCGCAGGGCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCa > 1:1093141/1‑150 (MQ=255)acCGCGCAGGGCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCa < 2:1638266/150‑1 (MQ=255) aGGGCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCg > 2:718442/1‑150 (MQ=255) ccGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGAtctc < 1:1324668/150‑1 (MQ=255) cGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCg > 2:196784/1‑150 (MQ=255) aTCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGt > 1:1599350/1‑150 (MQ=255) aTCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACATGGt < 2:1805390/150‑1 (MQ=255) tCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGtt > 1:1064132/1‑150 (MQ=255) tCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGtt < 2:719770/150‑1 (MQ=255) aGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTc < 1:419936/150‑1 (MQ=255) aCATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGa < 1:2240201/150‑1 (MQ=255) aTCGAGAACAGGCGGTTCCCTGCGACCTTGCTCCGTTTCACGCGGAATGTGGCGTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTTCCAGCTGGAAGCCCTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGaca < 2:260318/150‑1 (MQ=255) aTCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTggcagcc < 2:1309726/132‑6 (MQ=255) aTCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGaca > 1:897079/1‑150 (MQ=255) aTCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGAGAGTGCTTCCCGCTggcagcc > 1:1309726/1‑127 (MQ=255) gagaACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACAccc < 1:1531637/150‑1 (MQ=255) gagaACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACAccc < 2:2083892/150‑1 (MQ=255) gagaACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCAACCAGCGGGATTAGCAGTGCGATGCACACCCCGCTAGGTAGCTCTAACGTGGTTTCGactaca > 2:23878/1‑146 (MQ=255) 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tCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCaa < 1:482767/150‑1 (MQ=255) tCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCaa > 2:1757053/1‑150 (MQ=255) ttGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTg > 1:269669/1‑94 (MQ=255) ttGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTg < 2:269669/94‑1 (MQ=255) ttGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCAc < 1:1469148/150‑1 (MQ=255) aggcagAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCgg > 2:2050838/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |