| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,333,684 | C→A | 36.9% | F22L (TTC→TTA) | PP_4695 → | two‑component system sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,333,684 | 0 | C | A | 36.9% | 117.1 / 86.4 | 103 | F22L (TTC→TTA) | PP_4695 | two‑component system sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/31); new base A (22/16); total (55/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TCGAACCGACCGGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCC > NC_002947/5333535‑5333832 | tCGAACCGACCGGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTc < 1:2383242/150‑1 (MQ=255)tCGAACCGACCGGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGCTGCTGTTc > 2:266188/1‑150 (MQ=255) aaCCGACCGGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGc > 2:2429602/1‑150 (MQ=255) aaCCGACCGGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCCCACGGTGCTGTTAGGc > 2:1641423/1‑150 (MQ=255) cgaccgGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTg > 1:1649265/1‑150 (MQ=255) gaccgGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTgg > 1:132495/1‑150 (MQ=255) accgGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGc < 1:225110/150‑1 (MQ=255) gAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTgg > 2:2097612/1‑150 (MQ=255) tGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGc < 1:1968132/141‑1 (MQ=255) tGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGc > 2:1968132/1‑141 (MQ=255) cccTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCa < 1:699911/140‑1 (MQ=255) cccTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCa > 2:699911/1‑140 (MQ=255) cccTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCgg > 1:2144468/1‑150 (MQ=255) ccTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTCCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTTACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCTTCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCggg < 1:1143943/150‑1 (MQ=255) cTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTTCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGAt > 2:503104/1‑150 (MQ=255) cTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGAt > 1:1816219/1‑150 (MQ=255) ctGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCcgc < 2:1553666/150‑1 (MQ=255) ctGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGGTCGGCTGGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCcgc > 1:1442595/1‑150 (MQ=255) tgatcctgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCGGATGAGCTTTATCCTGAACGAGATTATCCTGATAAGCGACGGGAAACTCATGATGCTGTTCGGCGGGGCCTTGATCAGCGAGCGCGGGATGATGCAGCGTTCg > 2:1121293/1‑150 (MQ=255) gatcctgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTc < 2:394935/148‑1 (MQ=255) gatcctgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTc > 1:394935/1‑148 (MQ=255) atcctgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGAt < 2:1664418/150‑1 (MQ=255) cctgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCa < 2:2240658/150‑1 (MQ=255) tgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCAtt > 1:313045/1‑150 (MQ=255) tgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCggg < 1:681196/129‑1 (MQ=255) tgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCggg > 2:681196/1‑129 (MQ=255) gatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGa < 2:631420/132‑1 (MQ=255) tcgtcACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGccac > 2:2125938/1‑150 (MQ=255) tcACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGcgcg > 1:1291152/1‑118 (MQ=255) tcACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGccaccca > 2:2350096/1‑150 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTc > 1:816067/1‑89 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTc < 2:816067/89‑1 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTa > 1:1408179/1‑150 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTa < 1:2153633/150‑1 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTa < 1:2153623/150‑1 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTa > 2:2014214/1‑150 (MQ=255) 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aCCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGt > 1:1579768/1‑150 (MQ=255) ccTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCAACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCTTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGta < 1:290928/150‑1 (MQ=255) ccTCATGGTGCTGTTAGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCAACATGCCTACACCCTGTCTCTTTTCTTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGta < 1:291798/150‑1 (MQ=255) cTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGtac > 2:1440540/1‑150 (MQ=255) cTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTCGGCGTCTACGCCAGTAACTTGCCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGtac > 2:565138/1‑150 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGtacg > 1:1160738/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGCTCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGGCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTgg < 2:1210277/108‑1 (MQ=255) gTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTgg > 1:1210277/1‑108 (MQ=255) tGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGtacggctacg < 2:1160738/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGtacggctacgg < 2:649639/150‑1 (MQ=255) tGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTacggctacggct > 1:2241071/1‑150 (MQ=255) ttCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTc < 1:862168/150‑1 (MQ=255) | TCGAACCGACCGGAGCCTGGTACCGCCCCTACCTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGTCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCC > NC_002947/5333535‑5333832 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |