Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,469,228 | A→T | 5.8% | L273H (CTC→CAC) | mrdB ← | murein transpeptidase factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,469,228 | 0 | A | T | 5.8% | 283.8 / 5.8 | 99 | L273H (CTC→CAC) | mrdB | murein transpeptidase factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/39); new base T (3/3); total (57/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
ATACAAAAAAAGTCATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCG > NC_002947/5469082‑5469374 | ataCAAAAAAAGTCATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCATCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCa < 1:1073959/150‑1 (MQ=255) cAAAAAAAGTCATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCGACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACgg > 2:1723518/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaGTCATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGc < 1:1723975/150‑1 (MQ=255) aaaaaaaGTCATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGc > 1:346141/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGTCATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCg > 2:1366889/1‑150 (MQ=255) aaaaaGTCATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCga < 1:2114720/150‑1 (MQ=255) cATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTTGGCGGGGATCACCACGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGaa < 1:676964/150‑1 (MQ=255) cATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGaa < 2:2042316/150‑1 (MQ=255) aTGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGTGCTCGGCgag < 1:350464/143‑2 (MQ=255) aTGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGTGCTCGGCgag > 2:350464/1‑142 (MQ=255) ggTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTc > 2:831420/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGgt < 1:568805/150‑1 (MQ=255) tGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGc > 1:640964/1‑150 (MQ=255) cccGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCtt > 2:2150742/1‑150 (MQ=255) ccGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCttt > 2:1538783/1‑150 (MQ=255) cGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGGAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATCATGAAGTCGGTGTGGCTTTc > 1:874512/1‑150 (MQ=255) cGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTc > 1:1758498/1‑150 (MQ=255) gCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTcc < 2:1758498/150‑1 (MQ=255) 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cGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCa > 1:1755270/1‑150 (MQ=255) cGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCAAATTCCTCGCCCAGAACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCa > 1:1207868/1‑150 (MQ=255) gAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGGGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAg > 2:1309372/1‑150 (MQ=255) cAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTg > 2:487037/1‑150 (MQ=255) ggTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGTCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCgg > 2:1187218/1‑119 (MQ=255) ggTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCgg < 1:1187218/119‑1 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gcagcagGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACcccgcccg > 1:1447607/1‑150 (MQ=255) cagcagGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGTCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGa < 1:1112915/150‑1 (MQ=255) agGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCTACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCg < 1:497029/150‑1 (MQ=255) gTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGAt > 2:2349590/1‑150 (MQ=255) tAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGgtgt > 1:342847/1‑73 (MQ=255) tAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGgtgt < 2:342847/73‑1 (MQ=255) 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ggcagATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGga < 2:2360227/150‑1 (MQ=255) gcagATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCCGAGAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGgat > 1:1968624/1‑150 (MQ=255) gATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGgatgat < 2:1447607/150‑1 (MQ=255) gCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGtt < 2:847886/150‑1 (MQ=255) gCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGtt < 1:1140851/150‑1 (MQ=255) gCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGtt < 2:1145206/150‑1 (MQ=255) gCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACGGGATGATGtt > 2:2204768/1‑150 (MQ=255) cTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGgatga < 2:1868567/144‑1 (MQ=255) cTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGgatga > 1:1868567/1‑144 (MQ=255) tACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCa > 2:2260978/1‑150 (MQ=255) aGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCg > 1:1633538/1‑150 (MQ=255) gCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGt < 2:327746/150‑1 (MQ=255) cGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGc < 2:1365891/150‑1 (MQ=255) cGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGc < 1:1934931/150‑1 (MQ=255) cGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTAGATGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGc > 1:1045772/1‑150 (MQ=255) catCGCCGTGCTCGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAAc < 2:939213/147‑1 (MQ=255) catCGCCGTGCTCGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAAc > 1:2185510/3‑149 (MQ=255) catCGCCGTGCTCGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAAc < 2:2185510/147‑1 (MQ=255) catCGCCGTGCTCGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAAc > 1:939213/3‑149 (MQ=255) cTCGCCGAGCACGGCGAGGATGAAGGCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAGGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACgg > 2:2369139/1‑150 (MQ=255) tCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGgatgat < 1:1255399/128‑1 (MQ=255) tCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACggg > 1:18376/1‑150 (MQ=255) tCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGCGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCCAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGgatgat > 2:1255399/1‑128 (MQ=255) gCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCTGTGTGGCTTTCCGGCATGATGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTc < 1:1738489/150‑1 (MQ=255) ccGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCg < 1:1101100/150‑1 (MQ=255) ccGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCAGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCg > 2:1576742/1‑150 (MQ=255) | ATACAAAAAAAGTCATGGTCAGGCTGCCCGCAAGCAGCTTGCCGAACAGGGTCTGCGCCTGGGCGGTGATCACCAGGCCACGGCCGATCAGCAGCAGGTAGACAATCAGCAGCAGGCAGATGCCTACCAGGCCGAATTCCTCGCCGAGCACGGCGATGATGAAGTCGGTGTGGCTTTCCGGCAAAAAGTCCAGGTGCGACTGCGTGCCAAGCAGCCAGCCTTTGCCAAACACCCCGCCCGAGCCGATCGCCGCCTTGGACTGGATGATGTTCCAACCGGTGCCCAACGGGTCG > NC_002947/5469082‑5469374 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |