| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,537,055 | T→G | 5.8% | L271R (CTG→CGG) | nadE → | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,537,055 | 0 | T | G | 5.8% | 354.0 / 10.6 | 122 | L271R (CTG→CGG) | nadE | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/61); new base G (3/4); total (56/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTGGAGCCGGGCAAGCCGGACGAGGCGTCACATGGCGTGACCTACGCGCAGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATC > NC_002947/5536913‑5537204 | cTGGAGCCGGGCAAGCCGGACGAGGCGTCACATGGCGTGACCTACGCGCAGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAA‑CTGCCGTTc < 2:2371478/150‑1 (MQ=255) tGGAGCCGGGCAAGCCGGACGAGGCGTCACATGGCGTGACCTACGCGCAGGTCGATGCCTTCCAGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAA‑CTGCCGTTCg > 2:1323044/1‑150 (MQ=255) aGCCGGGCAAGCCGGACGAGGCGTCACATGGCGTGACCTACGCGCAGATCGATGAGCCCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAA‑CTGCCGTTCGCTc < 1:1207420/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=37) ggagcgAA‑CGGCAGTTCGCGCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCtt < 2:2453258/122‑1 (MQ=37) ggagcgAA‑CGGCAGTTCGCGCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCtt > 1:2453258/4‑125 (MQ=37) ggagcgAA‑CGGCAGTTCGCGCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCtt > 1:2453170/4‑125 (MQ=37) cgcgAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCAGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCttt < 2:2258824/150‑1 (MQ=255) gcgAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTCCTTGGCGAGGTCCTTGCCTTtc < 2:2040253/150‑1 (MQ=255) gAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGAcc < 2:1050501/139‑1 (MQ=255) 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NC_002947/5536913‑5537204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |