| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,551,707 | T→G | 5.3% | I296M (ATT→ATG) | PP_4882 → | iron ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,551,707 | 0 | T | G | 5.3% | 328.6 / 6.8 | 113 | I296M (ATT→ATG) | PP_4882 | iron ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/60); new base G (3/3); total (50/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CTGTGGCTGGAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGCCTATCAGCTTCCT > NC_002947/5551558‑5551856 | cTGTGGCTGGAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCCGCGGCAt‑t > 2:716557/1‑150 (MQ=255) tgtgGCTGGAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑Tc > 1:1962937/1‑150 (MQ=255) ggCTGGAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGGGGTAT‑TCCGc < 2:147358/150‑1 (MQ=255) ggCTGGAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGc < 2:1639756/150‑1 (MQ=255) tGGAACTGCGGGTGCGCGGCACAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGGTGCGCGCCTGGGCCGTGCTCGCGCAGCTGTTCTCCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTgg < 2:319690/150‑1 (MQ=255) tGGAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTgg > 2:406742/1‑150 (MQ=255) tGGAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTgg > 2:171720/1‑150 (MQ=255) gAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGCCAGCGGAAT‑GCCGCTgccc < 1:1623035/150‑4 (MQ=255) cTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTGGCGATg > 1:514888/1‑150 (MQ=255) ggTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTGGCGATGCTCgg < 2:2403558/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGCGCCTGGCGGTGCTGGGGAGCGTCAT‑TCCGTGTGCGATGCTCgg < 2:983181/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGt < 1:2152185/150‑1 (MQ=255) tGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGtt > 2:1623014/1‑150 (MQ=255) 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tcgccAGCGGAAT‑GCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTgctgct < 1:928681/138‑1 (MQ=255) tcgccAGCGGAAT‑GCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGGCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTgctgct > 2:928681/5‑142 (MQ=255) gggCAGCGGCAT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGcc > 2:823117/1‑150 (MQ=255) cgccAGCGGAAT‑GCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGcc > 1:1278189/4‑150 (MQ=255) ggCAGCGGCAT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGCCt > 1:1270212/1‑150 (MQ=255) 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ccccactCCGCTGGCGATCCTCAGCTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCAGTGCCGGTGGCGGCCATCTCGAGGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGCCTATCAg < 2:1536703/144‑1 (MQ=255) gCAT‑TCCGCTGGCGATGCTCGTTTACTGGCTGAGCGTGGGCTGGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCTCCTCGATGTTGGTGTGGCTGGGCTGAGCCGGCGTCTGATTGCTTCTGGTTATGCCTATCAGCt > 2:1162093/1‑150 (MQ=255) cAT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGCCTATCAGCtt < 1:823117/150‑1 (MQ=255) aT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGCCTATCAGCTTc > 2:2046625/1‑150 (MQ=255) aT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAACGCGCGGTTCACCTTGGGATTGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGCCTATCAGCTTc < 1:886055/150‑1 (MQ=255) t‑tCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCg > 2:1178063/1‑95 (MQ=255) t‑tCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCg < 1:1178063/95‑1 (MQ=255) tCCGCTGGCGATGCTCGGTTACGGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGCCTATCAGCTTCCt < 2:1985342/150‑1 (MQ=255) | CTGTGGCTGGAACTGCGGGTGCGCGGCAAAGCCCGCCATGTACGCATCGGCCAGGGCGTAGCGCGGCGTGCGCAACCGGTGCGGCTGCGCGGCTGGGCGGTGCTGGCGCAACTGTTCTGCGTGGGCCTGGCGGTGCTGGGCAGCGGCAT‑TCCGCTGGCGATGCTCGGTTACTGGCTGAGCGTGGGTTCGTCGGCGGCATTCCCGGTGGCGGCCATCTCGAAGGCGTTGTTCACCTCGCTGTCGGTGTCGCTGGGCGGTGCCGGCTTCTGTGTGCTGCTGGCTCTGCCTATCAGCTTCCT > NC_002947/5551558‑5551856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |